[发明专利]高通量STR序列核心重复数检测方法

权利要求书

1.一种高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

A．将一对引物杂交到待测STR序列上，其中下游引物带荧光标记；

B．重复交替地加入核苷酸单体组合，利用具有5’→3’外切酶活性的DNA聚合酶合成待测STR序列的互补链，每次加入核苷酸单体组合完成聚合反应后进行清洗，检测荧光强度；

C．分析荧光信号的变化及信号变化发生的轮次，判断STR序列的杂合情况并计算出核心重复数。

2.根据权利要求1所述的高效快捷的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于：待测的STR序列簇固定于固相载体表面，其中所述固相载体表面包括测序流道或生物芯片的基片，以及连接在检测基片上的媒介物的表面。

3.根据权利要求1所述的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于步骤A之前还包括步骤：

A0. 对需要检测的STR序列进行多重扩增，将待测STR序列直接或是通过媒介物扩增并连接到检测基片表面。

4.根据权利要求2所述的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，所述的媒介物包括磁珠、微珠、微柱、微粒及微槽中的至少一个。

5.根据权利要求3所述的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，将海量样本的多个STR序列通过间隔区域编码或者插入测序标签的方法，实现高通量地并行检测。

6.根据权利要求1所述的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，步骤A中所述的一对引物分别位于STR序列核心区域的上游和下游，将检测区域限定在STR核心区域附近，减少反应和检测的轮次。

7.根据权利要求1所述的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，步骤A中所述的下游引物上修饰的荧光标记位于下游引物5’端附近的碱基上。

8.根据权利要求1所述的高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，步骤B中所述的核苷酸单体组合为常用脱氧核糖核苷三磷酸中的一种或几种。

9.一种高通量STR序列核心重复数检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

( 1 ) 样本基因座STR序列的特异性扩增

选取相应数量的STR序列，作为检测对象；通过多重PCR技术，将上述STR序列从人类DNA样本的相应基因座上扩增出来；

选取完待检STR序列后，根据STR序列中核心重复单元的序列信息来设计聚合时的核苷酸单体组合以及设计多组STR序列同时检测的分组检测方案，同时设计每种STR序列相应的上下游检测引物并合成；

（2）检测基片上STR序列的固定及文库制备

检测基片上的每一个反应位点上仅有唯一样本的同一种STR单链序列拷贝；

上述STR单链序列拷贝可以直接固定于基片的固相载体表面，或者通过微媒介物间接地先将单链序列拷贝固定在媒介物的表面，再将媒介物固定于检测基片的表面；

（3）STR序列核心重复数的检测实验

检测反应进行前，读取芯片上每个反应位点上的STR序列所属的样本信息以及基因座信息；

加入混合后的上下游检测引物进行杂交，杂交完成后清洗并检测荧光；

不断重复进行加入核苷酸单体组合聚合的操作，并在每次聚合完全后清洗及检测荧光，直至整张反应基片上所有反应位点的荧光降低到下限阈值以下后结束检测；

（4）荧光信号分析

根据检测芯片上的每个反应位点在不同轮次下的荧光信号强度，找到荧光信号强度发生衰减的反应轮次，根据该轮次及核苷酸单体组合方式推导出该位点上STR序列的核心重复数；

对荧光信号衰减率进行分析，判断该位点的STR序列是否为杂合并根据二次荧光衰减得到另一条等位STR序列的核心重复数；

最终，通过对检测芯片上海量位点的检测结果进行统计学分析，得到每个样本的每条STR序列的核心重复数及其纯合比率。