[发明专利]一种早期旱胁迫诱导高羊茅DREB2基因的筛选试剂盒及方法

权利要求书

1.一种早期旱胁迫诱导高羊茅DREB2候选基因的筛选试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括具有如下登录号的探针： 

AT1G06770 

AT1G21910 

AT1G75490 

AT2G30580 

AT2G38340 

AT2G40340 

AT2G40350 

AT3G11020 

AT3G23060 

AT3G57600 

AT5G03720 

AT5G05410 

AT5G18450 

GI:38099059 

GI:66710525 

GI:71534115 

GI:71534117 

GI:169786768 

GI:169786766 

GI:169786764 

GI:169786762 

GI:169786760 

GI:169786758 

GI:169786756 

GI:169786754 

GI:169786752 

GI:169786750 

GI:169786748 

GI:169786746 

GI:169786744 

GI:331123577 

GI:331123576 

GI:331123574 

GI:331123571 

GI:374721234 

GI:374721232 

GI:374721228 

GI:374721226。 

2.如权利要求1所述探针在制备早期旱胁迫诱导高羊茅DREB2候选基因的筛选试剂中的应用。 

3.一种早期旱胁迫诱导高羊茅DREB2候选基因的筛选方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤： 

(1)将50d龄的高羊茅植株根系分别浸泡在质量百分比浓度为20％的PEG6000中0h，6h，12h，18h和24h；其中，0h为对照组，6h、12h、18h和24h为处理组； 

(2)用Trizol法分别提取经步骤(1)模拟旱胁迫处理后的高羊茅叶片的RNA，各处理和对照组的混合RNA作为总转录组测序的样本来源；采用高通量测序技术平台IlluminahiSeq^TM2000进行转录组深度测序，得到若干读段原始数据，将所得的读段原始数据进行过滤，过滤原则为：①去除包含接头的读段过滤时使用的接头序列SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2；②去除含有未知碱基比例10％以上的读段；③去除低质量且碱基大于50％的读段，所示低质量是指质量值小于5的读段；④去除平均质量值小于15的读段，得到可用读段，然后对可用读段进行de novo拼接后组装得到高羊茅混合转录组库，高羊茅混合转录组库中独立基因的平均长度为691bp，N50长度为1279bp； 

(3)采用权利要求1所述的探针对高羊茅混合转录组库进行Local Blast分析，设置Local Blast分析的输出结果e-value阈值为1e-5，筛选DREB2独立基因； 

(4)将步骤(1)所述的4个处理组分别与对照组进行数字基因表达谱分析；独立基因表达量统计分析使用RPKM法，计算得到体现基因表达量的差异基因数据库，其计算公式为： 

设RPKM为独立基因的表达量，C为唯一比对到独立基因的读段数，N为唯一比对到所有独立基因的总读段数，L为独立基因的碱基数；RPKM法能消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响，计算得到的基因表达量可直接用于比较不同样品间的基因表达差异； 

(5)以步骤(4)获得的各处理的差异基因数据库分析步骤(3)获得的DREB2独立基因，筛选特异表达的DREB2基因。