[发明专利]一种检测大白菜黄萎病病原菌的实时荧光定量PCR方法有效
申请号: | 201410089841.4 | 申请日: | 2014-03-12 |
公开(公告)号: | CN103882125A | 公开(公告)日: | 2014-06-25 |
发明(设计)人: | 于拴仓;苏同兵;陈娟;张凤兰;汪维红;余阳俊;张德双;赵岫云 | 申请(专利权)人: | 北京市农林科学院 |
主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12Q1/04;C12N15/11 |
代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 关畅;陈晓庆 |
地址: | 100097 北京市*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 大白菜 黄萎病 病原菌 实时 荧光 定量 pcr 方法 | ||
1.一对引物,由SEQ ID No.1所示的DNA分子和SEQ ID No.2所示的DNA分子组成。
2.一种定量检测大白菜黄萎病病原菌的试剂盒,该试剂盒包含权利要求1所述的引物。
3.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于:所述大白菜黄萎病病原菌为大丽轮枝菌(Verticillium dahliae),具体为大白菜黄萎病病原菌BCHW10-2。
4.一种定量检测大白菜黄萎病病原菌的实时荧光定量PCR方法,该方法包括如下步骤:
(1)将提取的黄萎病病原菌标准品的DNA进行10倍梯度稀释,得到梯度稀释的黄萎病病原菌的DNA,以其为模板,以SEQ ID No.1所示的DNA分子和SEQ ID No.2所示的DNA分子为引物进行实时荧光定量PCR扩增,以模板浓度的Log值为横坐标,以每个反应孔的荧光值达到所设阈值经历的循环数为纵坐标,制作标准曲线,得到标准曲线公式1;
(2)将提取的未染任何病菌的大白菜的根、茎或叶组织的基因组DNA进行两倍梯度稀释,得到梯度稀释的样品的DNA,以其为模板,以扩增GAPDH的引物为引物进行实时荧光定量PCR扩增,以模板浓度的Log值为横坐标,以每个反应孔的荧光值达到所设阈值经历的循环数为纵坐标,制作标准曲线,得到标准曲线公式2;
(3)以待检大白菜的根、茎或叶组织的基因组DNA为模板,以SEQ ID No.1所示的DNA分子和SEQ ID No.2所示的DNA分子为引物进行实时荧光定量PCR扩增,得到循环数CP1,将CP1值带入标准曲线公式1,得到待检大白菜中大白菜黄萎病病原菌的绝对含量;以待检大白菜的根、茎或叶组织的基因组DNA为模板,以GAPDH引物为引物进行实时荧光定量PCR扩增,得到循环数CP2,将CP2值带入标准曲线公式2,得到待检样品的GAPDH绝对含量;待检大白菜内黄萎病病原菌的相对含量=待检大白菜中大白菜黄萎病病原菌的绝对含量/GAPDH绝对含量。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于:所述实时荧光定量PCR的PCR反应体系如下:实时荧光定量PCR扩增缓冲液(2×)5μL,浓度为10μM的引物各1μL,模板3μL;
所述实时荧光定量PCR扩增缓冲液(2×)的商品名称为SYBR Green I Master(2×),来自480cSYBR Green I Master试剂盒,该试剂盒购自罗氏公司,产品目录号为04887352001;
PCR程序如下:预变性95℃,5min;95℃变性30s,60℃复性30s,72℃延伸50s,40个循环;
熔解曲线制作程序:95℃5s,65℃60s,每10s温度递升0.5℃到97℃结束,连续检测荧光强度。
6.根据权利要求4或5所述的方法,其特征在于:所述步骤(1)中提取的黄萎病病原菌BCHW10-2的DNA浓度为50ng·μL-1;
所述步骤(2)中提取的大白菜的根、茎或叶组织的基因组DNA浓度为200ng·μL-1;
所述标准曲线公式1为Y=-3.553X+10.04;
所述标准曲线公式2为Y=-3.193X+23.22。
7.根据权利要求4-6任一所述的方法,其特征在于:所述黄萎病病原菌为大白菜黄萎病病原菌BCHW10-2。
8.权利要求1所述的引物对在检测大白菜中的大白菜黄萎病病原菌中的应用;
或,
权利要求1所述的引物对在检测大白菜是否感染大白菜黄萎病病原菌中的应用。
9.权利要求2所述的试剂盒在检测大白菜中的大白菜黄萎病病原菌的应用;
或,
权利要求2所述的试剂盒在检测大白菜是否感染大白菜黄萎病病原菌中的应用。
10.根据权利要求8或9所述的应用,其特征在于:所述大白菜黄萎病病原菌为大丽轮枝菌(Verticillium dahliae),具体为大白菜黄萎病病原菌BCHW10-2。
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