[发明专利]用于乳腺癌的诊断、预后和治疗的基于MicroRNA的方法和组合物

说明书

本申请是分案申请，其直接母案申请是申请日为2006年7月31日、申请号为201110319534.7的同名发明专利申请；其原始母案申请是申请日为2006年7月31日、申请号为200680036598.3的同名发明专利申请。

发明背景

乳腺癌是美国和全球范围内的妇女的重大健康问题。尽管在疾病的检测和治疗上已取得了进步，但乳腺癌仍然是妇女中癌症相关性死亡的第二大病因，在美国其每年影响着180,000多位妇女。对于北美的妇女，一生中患乳腺癌的概率现在为八分之一。

目前没有用于治疗或预防乳腺癌的普遍成功的方法。目前乳腺癌的治疗依赖于早期诊断（例如，通过常规的乳腺筛查方法）和侵入性治疗的组合，其可包括多种治疗例如手术、放射疗法、化学疗法和激素疗法中的一种或多种。通常基于许多预后参数（包括特异性肿瘤标记的分析）来选择特定乳腺癌的疗程。参见，例如，Porter-Jordan和Lippman,Breast Cancer8:73-100(1994)。

尽管BRCA1和BRCA2的发现在鉴定参与乳腺癌的关键遗传因素中是非常重要的步骤，但已逐渐清楚BRCA1和BRCA2的突变只解释部分对乳腺癌的遗传易感性(Nathanson,K.L.等人,Human Mol.Gen.10(7):715-720(2001);Anglican Breast Cancer Study Group.Br.J.Cancer83(10):1301-08(2000);和Syrjakoski K.,等人,J.Natl.Cancer Inst.92:1529-31(2000))。尽管对乳腺癌的治疗进行了大量研究，但乳腺癌仍然难以有效地诊断和治疗，并且乳腺癌患者中观察到的高死亡率表明疾病的诊断、治疗和预防需要提高。

MicroRNA（微RNA）是通过与信使RNA(mRNA)靶杂交和引发其的翻译抑制或较不常见地引起其降解来控制基因表达的小的、非编码RNA种类。miRNA的发现和研究已揭示在生物发育和各种细胞过程例如细胞分化、细胞生长和细胞死亡中发挥重要作用的miRNA介导的基因调控机制(Cheng,A.M.,等人,Nucleic Acids Res.33:1290-1297(2005))。近年来的研究表明特定miRNA的异常表达可参与人的疾病例如神经障碍（neurological disorder）(Ishizuka,A.,等人,Genes Dev.16:2497-2508(2002))和癌症。具体地，已在人慢性淋巴细胞性白血病中发现miR-16-1和/或miR-15a的不当表达（misexpression）(Calin,G.A.,等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.99:15524-15529(2002))。

包含所有已知的人microRNA的微阵列的发展和应用已允许同时分析样品中的每一种miRNA的表达(Liu,C.G.,等人,Proc Natl.Acad.Sci U.S.A.101:9740-9744(2004))。这些microRNA微阵列不仅已用于确认miR-16-1在人CLL细胞中摆脱控制，而且还用于产生与良好建立的人CLL的临床病理特征关联的miRNA表达特征谱(Calin,G.A.,等人,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.101:1175-11760(2004))。

使用microRNA微阵列鉴定microRNA组群（其在正常细胞和乳腺癌细胞之间差异表达）（即，表达特征谱或表达谱）的用途可帮助精确识别参与乳腺癌的特异性miRNA。此外，这些miRNA的假定的靶的鉴定可帮助阐明它们的致病作用。本发明提供了用于乳腺癌的诊断、预后和治疗的新的方法和组合物。

发明概述

本发明部分基于相对于正常对照细胞，在乳腺癌细胞中差异表达的miRNA的乳腺癌特异性特征谱（Signature）的鉴定。