[发明专利]肺癌的多基因预后试验

说明书

本申请是国际申请PCT/US2008/065409，国际申请日2008年5月30日，中国国家阶段申请号200880101348.2，名为“肺癌的多基因预后试验”的发明专利申请的分案申请。

相关申请的交叉引用

本申请要求2007年6月1日提交的USSN60/941,550的优先权，其通过引用全文纳入本文。

在联邦资助研发下作出发明的权利的声明

不适用

对以光盘提交的“序列表”、表格或计算机程序列表附件的引用

不适用

发明背景

借助临床分期和组织病理学发现来确定肺癌患者的长期死亡率可能性不佳。我们的假设是：多基因定量聚合酶链式反应(PCR)试验可预计肺癌患者的死亡率风险。

发明概述

在一方面，本发明提供为对象的肺癌提供预后的方法，该方法包括以下步骤：(a)将该对象的生物学样品与特异性结合一组生物标记物的试剂接触，所述生物标记物包括ctnnb1、wnt3a、tp53、kras、erbb3、muc1、erbb2和dusp6，和(b)通过比较该样品与对照非癌性细胞样品来测定所述标记物在该样品中是否差别表达；从而提供肺癌的预后。

在一个实施方式中，所述试剂是核酸。在另一实施方式中，所述试剂是寡核苷酸。在另一实施方式中，所述试剂是PCR引物组(primer set)。在另一实施方式中，所述试剂是抗体。

在一个实施方式中，所述样品来自外科手术切除的肿瘤。在另一实施方式中，所述样品来自肺组织或肺肿瘤活检。

在一方面，本发明提供装有特异性结合一组生物标记物的试剂的试剂盒，所述生物标记物包括ctnnb1、wnt3a、tp53、kras、erbb3、muc1、erbb2和dusp。在一个实施方式中，所述试剂是PCR引物组。

在另一方面，本发明的特征在于通过定量测定生物学样品中至少两种(例如，至少三种或至少四种)基因的表达水平来确定患肺癌对象的预后的方法，所述基因选自下组：Rnd3、wnt3a、erbb3、lck、sh3bgr、fut3、il11、cdc6、cdk2ap1、bag1、emx2、six3和brca1。在该方面，所述生物学样品(例如，肿瘤活检、肺活检和血液样品)源自该对象，而所述表达水平是预后的标志。

在以上任一方面，所述表达水平可以是mRNA表达水平或蛋白质水平，或二者的组合。本发明的特征在于通过，例如定量rtPCR测定mRNA表达水平。本发明的特征在于通过，例如抗体结合试验(例如，ELISA试验)测定蛋白质水平。

在还有另一方面，本发明的特征在于通过检测生物学样品中至少两种(例如，至少三种或至少四种)基因的甲基化水平来确定患肺癌对象的预后的方法，所述基因选自下组：Rnd3、wnt3a、erbb3、lck、sh3bgr、fut3、il11、cdc6、cdk2ap1、bag1、emx2、six3和brca1。在该方面，所述生物学样品(例如，肿瘤活检、肺活检和血液样品)源自该对象，而所述甲基化水平是预后的标志。

在以上任一方面，肺癌可以是肺腺癌，例如I期、II期、III期或IV期。

在以上任一方面，所述预后还提供长期死亡率的高或低风险评估。

附图简述

图1显示肺癌是癌症死亡最常见的原因，并显示对于1期癌症，长期死亡率的预后(5年存活率)是约60%。

图2显示预后的基因组模型。

图3描述了RT PCR分析所用的样品。

图4描述了进行预后的患者群体。

图5描述了定量测(RT)PCR的方法。

图6描述了所有肺腺癌标记物的训练组的结果。

图7描述了所有肺腺癌标记物的验证组的结果。

图8描述了1期肺腺癌标记物的验证和训练组的结果。

图9列出了1期肺腺癌的RT-PCR多基因预后试验所用的8种基因。