[发明专利]设计趋异的密码子优化大重复DNA序列的方法

权利要求书

1.一种获得人造核酸分子的方法，该方法包括：

(i)提供来自多肽的氨基酸重复区的氨基酸序列；

(ii)利用生物的密码子使用偏好和编码氨基酸序列的遗传密码来推导多个样本密码子优化核酸序列；

(iii)根据序列同源性对所述多个样本密码子优化核酸序列进行比对，并组装包含该多个样本密码子优化核酸序列的邻接树；

(iv)从该邻接树的深分支部分选择所述样本密码子优化核酸序列；和

(v)提供包含该密码子优化核酸序列的核酸分子。

2.根据权利要求1的方法，其中所述来自多肽的氨基酸重复区的氨基酸序列是通过提供编码所述来自多肽的氨基酸重复区的核酸序列、并从所提供的核酸序列推导氨基酸序列而提供的。

3.根据权利要求2的方法，其中所述编码氨基酸重复区的核酸序列是从生物克隆的。

4.根据权利要求1的方法，其中该多肽在生物中表达。

5.根据权利要求1的方法，其中该多肽是未知在生物中表达的人造多肽。

6.根据权利要求1的方法，还包括将所述密码子优化核酸序列整合入编码感兴趣多肽的核酸序列中，其中所得的核酸分子包含含有所述密码子优化核酸序列的编码感兴趣多肽的核酸序列。

7.根据权利要求6的方法，其中所述感兴趣多肽与提供所述氨基酸重复区序列的多肽具有相同的氨基酸序列。

8.根据权利要求6的方法，其中含有所述密码子优化核酸序列的编码感兴趣多肽的核酸序列自身已被优化。

9.根据权利要求6的方法，其中所述感兴趣多肽包括多个氨基酸重复区，并且其中对该感兴趣多肽中的多个氨基酸重复区中的至少一些独立地实施(i)-(iv)。

10.根据权利要求9的方法，其中对所述感兴趣多肽中的多个氨基酸重复区中的每一个独立地实施(i)-(iv)。

11.根据权利要求6的方法，其中所得的核酸分子包括与至少一个调节元件可操作连接的所述编码感兴趣多肽的核酸序列。

12.根据权利要求6的方法，其中该核酸分子适合于导入到宿主生物中。

13.根据权利要求11的方法，其中该核酸分子适合于导入到宿主生物中。

14.根据权利要求13的方法，其中该核酸分子是表达载体。

15.一种核酸分子，其是通过根据权利要求6的方法获得的。

16.一种产生遗传修饰生物的方法，该方法包括将权利要求15的核酸分子导入到宿主生物中。

17.根据权利要求16的方法，其中该宿主生物是植物。

18.根据权利要求17的方法，其中该宿主生物是欧洲油菜(Brassica napus)。

19.根据权利要求16的方法，其中该宿主生物选自下组：酵母、藻类和原核生物。

20.一种遗传修饰生物，其是通过根据权利要求16的方法产生的，其中该宿主生物选自下组：酵母、藻类和原核生物。

21.一种产生重组蛋白质的方法，该方法包括将权利要求15的核酸分子导入到细胞中，其中该感兴趣多肽在该细胞中表达。

22.权利要求21的方法，还包括分离该感兴趣多肽。