[发明专利]使用组合的核酸酶、连接和聚合酶反应用于核酸序列的相对定量、表达或拷贝变化的方法

权利要求书

1.一种用于鉴定样本中一个或多个靶核苷酸序列存在的方法， 其包括：

提供可能含有所述一个或多个靶核苷酸序列的样本；

提供一个或多个寡核苷酸探针组，每组包含(a)具有靶特异性部分 的第一寡核苷酸探针，和(b)具有靶特异性部分的第二寡核苷酸探针， 其中探针组的所述第一和第二寡核苷酸探针被配置为在所述靶核苷 酸序列上彼此相邻杂交，在所述第一和第二寡核苷酸探针之间形成接 合，并且其中，在探针组中，所述第二寡核苷酸探针的所述靶特异性 部分在所述接合处具有与所述第一寡核苷酸探针重叠的相同核苷酸；

在使探针组的第一和第二寡核苷酸探针在相邻位置上以碱基特 异性方式与其相应的靶核苷酸序列(如果存在于样本中)杂交有效的 条件下，使所述样本和所述一个或多个寡核苷酸探针组接触，其中杂 交后，在包含所述重叠的相同核苷酸的接合处所述第二寡核苷酸探针 的所述重叠的相同核苷酸形成侧翼；

用具有5’核酸酶活性的酶切割所述第二寡核苷酸探针的所述重 叠的相同核苷酸，从而释放在所述第二寡核苷酸探针的5’末端的磷 酸；

将所述一个或多个寡核苷酸探针组的第一和第二寡核苷酸探针 在所述接合处连接在一起以形成连接的产物序列；

检测所述样本中的所述连接产物序列；和

基于所述检测鉴定所述样本中一个或多个靶核苷酸序列的存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其还包括：

在所述接触之前扩增所述样本中的所述靶核苷酸序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测包括：

对所述样本中的所述连接产物序列进行测序。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测包括：

根据大小分离所述连接产物序列。

5.根据权利要求1所述的方法，其中探针组中所述寡核苷酸探 针中的一个还包含zip-code部分，其中在相同的杂交条件下所述 zip-code部分与其互补的捕获寡核苷酸杂交，所述方法还包括：

提供所述捕获寡核苷酸的集合和

在使每个连接产物序列的所述zip-code部分与所述集合中其互 补的捕获寡核苷酸杂交有效的条件下，其具有最小的非特异性杂交并 且在相同的杂交条件下，使所述连接产物序列与所述捕获寡核苷酸的 集合接触，由此所述检测发生在所述连接产物序列与其互补的捕获寡 核苷酸杂交后。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述集合中捕获寡核苷酸 的每种类型包含大于16个核苷酸的核苷酸序列，并且不同于所述集 合中捕获寡核苷酸的其它类型的核苷酸序列，当彼此比对时，区别至 少为25％。

7.根据权利要求5所述的方法，其中所述捕获寡核苷酸的集合 被固定在固体载体上。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述固体载体呈选自由以 下组成的组的形式：珠粒、载玻片、盘、膜、薄膜、微量滴定板及其 组合。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述固体载体包含位置阵 列和被固定在所述位置阵列上的所述捕获寡核苷酸的集合。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述探针组的所述第一寡 核苷酸探针还包含5’引物特异性部分并且探针组的所述第二寡核苷 酸探针还包含3’引物特异性部分，其中每个连接产物序列包含所述5’ 引物特异性部分、所述靶特异性部分和所述3’引物特异性部分。