[发明专利]聚合酶链式反应产物测序分型的方法及系统

说明书

技术领域

本发明涉及等位基因分型技术领域，特别涉及一种聚合酶链式反应产物测序分型的方法及系统。

背景技术

HLA(Human Leucocyte antigen),即人类白细胞抗原。它是主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex.MHC)基因编码的一组糖蛋白.对于人体免疫系统来说，HLA与MHC是同一个概念，HLA也就是人的主要相容性复合物。HLA分型指借助血清学，细胞学或分子生物学方法检测个体的HLA抗原特异性基因。临床器官移植中，HLA分型是选择合适供者的主要依据。

目前国际标准的HLA分型技术为PCR-SSP（Polymerase Chain Reaction Sequence-Specific Primers，序列特异引物聚合酶链式反应），PCR-SSO（Polymerase Chain Reaction equence-Specific Oligonucleotide Probe Hybridization，聚合酶链式反应寡核苷酸探针杂交）和PCR-SBT（Polymerase Chain Reaction Sequencing-based Typing，聚合酶链式反应产物直接测序分型）。

PCR-SBT是用引物对HLA基因多态性的区域进行PCR扩增，然后对扩增产物进行DNA测序，在计算机软件辅助下确定HLA等位基因型别。对于基因结构的分析，SBT是比较直观、准确的方法，同时可以直接发现新的等位基因。用PCR-SSP或PCR-SSO方法鉴别出新的等位基因，通常也通过测序加以证实。

SBT技术中，利用扩增产物对DNA测序后，需要通过软件将测序所得结果与国际组织IMGT数据库(http://www.ebi.ac.uk/imgt/)中公布的HLA标准序列进行比对；通过比对得出样品序列与标准序列的匹配率；根据匹配率高低得出样品序列的分型结论。

目前比较成功的分型软件有uType和SBTengine，它们都是基于PCR-SBT方法的测序。

但是，随着IMGT数据库等位基因量增大，以上软件分型过程中进行大范围候选型别筛查检索时，速度越慢，效率越低。此外，人工辅助分型阶段，分型人员进行峰图查看时，操作程序较烦琐,时间较长。同时，现有HLA分型软件只适用于Windows系统，而无法于linux及Mac系统上运行。

发明内容

本发明的目的旨在至少解决上述技术缺陷之一。

为此，本发明的目的在于提出一种聚合酶链式反应产物测序分型的方法。该方法具有分型效率高、分型准确可靠且分型时间短以及人力成本低的优点。

本发明的另一目的在于提出一种聚合酶链式反应产物测序分型的系统。

为达到所述目的，本发明的实施例提供了一种聚合酶链式反应产物测序分型的方法，包括以下步骤：获取待分型碱基序列、与所述待分型碱基序列关联的文件信息和引物文件信息，其中，所述文件信息包括所述待分型碱基序列的位点名称；根据所述文件信息和参考序列的等位基因型别信息识别所述待分型碱基序列和参考序列的联配位置关系，以得到第一待分析候选型别组合；根据所述引物文件信息和所述参考序列的引物信息对所述待分型碱基序列进行进一步分型识别，以得到第二待分析候选型别组合；以及根据所述第一待分析候选型别组合和所述第二待分析候选型别组合得到所述待分型碱基序列的最终型别。

根据本发明实施例的聚合酶链式反应产物测序分型的方法，根据参考序列以及其相关信息和待分型碱基序列以及其相关信息可直接识别待分型碱基序列到参考序列的联配位置关系，从而，减少了读取碱基序列逐一比对到各个参考序列的对应位点的步骤，缩减了比对时间。尤其在进行大范围候选型别（如很多个参考序列，很多个型别）筛查检索时，大大缩短了比对时间。另外，根据引物信息进行再次识别分型，这样，保证分型的正确性和可靠性。此外，该方法可自动地对待分型碱基序列进行分型，减少人工导入GSSP信息等繁琐，有效节约了时间并减低了人工成本。

另外，根据本发明上述实施例的聚合酶链式反应产物测序分型的方法还可以具有如下附加的技术特征：

在一些示例中，所述根据所述文件信息和参考序列的等位基因型别信息识别所述待分型碱基序列和参考序列的联配位置关系，以得到第一待分析候选型别组合，进一步包括：根据所述文件信息包括的所述待分型碱基序列的位点名称与所述参考序列的等位基因型别信息进行匹配；根据匹配结果得到所述待分型碱基序列和参考序列的联配位置关系；根据所述联配位置关系得到所述第一待分析候选型别组合。