[发明专利]检测松材线虫的方法、检测引物及其LAMP检测试剂盒有效
| 申请号: | 201310538469.6 | 申请日: | 2013-11-04 |
| 公开(公告)号: | CN103555840A | 公开(公告)日: | 2014-02-05 |
| 发明(设计)人: | 汪来发;王曦茁;苟大平;田国忠;朴春根 | 申请(专利权)人: | 中国林业科学研究院森林生态环境与保护研究所 |
| 主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;C12N15/11 |
| 代理公司: | 北京康思博达知识产权代理事务所(普通合伙) 11426 | 代理人: | 余光军 |
| 地址: | 100091 北京市海淀区东小府*** | 国省代码: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 检测 松材线虫 方法 引物 及其 lamp 试剂盒 | ||
1.一种检测松材线虫的方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:
(1)从待检测的松树木材样品中提取松材线虫基因组DNA;(2)以提取的DNA为模板,加入包括LAMP引物组、Bst DNA聚合酶在内的组分建立LAMP反应体系,进行环介导等温扩增;(3)根据扩增产物荧光的有无或浊度的变化,判定待检测的松树木材样品中是否存在松材线虫。
2.按照权利要求1所述的方法,其特征在于:步骤(1)采用2-10%的Chelex-100作为提取缓冲液提取松树木材样品中松材线虫DNA,优选的,采用5%的Chelex-100作为提取缓冲液提取松树木材样品中的松材线虫DNA;更优选的,先用异硫氰酸胍提取缓冲液处理松树木材样品,再加入2-10%的Chelex-100提取松树木材样品中的松材线虫DNA。
3.按照权利要求1所述的方法,其特征在于:步骤(1)中所述的从待检测的松树木材样品中提取松材线虫DNA的方法,包括以下步骤:
(1)向待检测的松树木材样品中加入异硫氰酸胍提取缓冲液搅拌混匀,冰上放置后,沸水煮3-10min;(2)按w/v计,加入2-10%Chelex-100搅拌混匀,沸水煮5-15min,离心,取上清液,即得;其中,步骤(1)中所述的冰上放置时间优选为3-10min,更优选为5min,沸水煮的时间优选为5min;步骤(2)中所述的沸水煮的时间优选为8min。
4.按照权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(2)中所述的LAMP引物组选自以下5组引物中的任意一组:
4号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.13、下游外部引物SEQ ID NO.14、上游内部引物SEQ ID NO.15和下游内部引物SEQ ID NO.16组成;
18号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.17、下游外部引物SEQ ID NO.18、上游内部引物SEQ ID NO.19和下游内部引物SEQ ID NO.20所示的引物组成;
1F引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.21、下游外部引物SEQ ID NO.22、上游内部引物SEQ ID NO.23和下游内部引物SEQ ID NO.24所示的引物组成;
8号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.25、下游外部引物SEQ ID NO.26、上游内部引物SEQ ID NO.27和下游内部引物SEQ ID NO.28所示的引物组成;
13号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.29、下游外部引物SEQ ID NO.30、上游内部引物SEQ ID NO.31和下游内部引物SEQ ID NO.32所示的引物组成。
5.按照权利要求4所述的方法,其特征在于:在所述5组引物组中还含有一条SEQ ID NO.33所示的环引物。
6.用于检测松材线虫的LAMP引物组,其特征在于,选自以下5组引物中的任意一组:
4号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.13、下游外部引物SEQ ID NO.14、上游内部引物SEQ ID NO.15和下游内部引物SEQ ID NO.16组成;
18号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.17、下游外部引物SEQ ID NO.18、上游内部引物SEQ ID NO.19和下游内部引物SEQ ID NO.20所示的引物组成;
1F引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.21、下游外部引物SEQ ID NO.22、上游内部引物SEQ ID NO.23和下游内部引物SEQ ID NO.24所示的引物组成;
8号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.25、下游外部引物SEQ ID NO.26、上游内部引物SEQ ID NO.27和下游内部引物SEQ ID NO.28所示的引物组成;
13号引物组:由上游外部引物SEQ ID NO.29、下游外部引物SEQ ID NO.30、上游内部引物SEQ ID NO.31和下游内部引物SEQ ID NO.32所示的引物组成。
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