[发明专利]一种鸡基因的单核苷酸多态性、检测方法及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及一种鸡miRNA-1704基因的单核苷酸多态性，同时还涉及该单核苷酸多态性的检测方法及其应用，属于分子遗传学领域。 

背景技术

中国是世界上家禽饲养量最大的国家，同时养鸡历史悠久，是世界上驯化家禽最早、品种资源最丰富的国家之一。随着社会经济的迅速发展，人们生活水平的提高，市场对肉质的需求整体上从以前的数量要求转向了对质量风味的追求。生长性状、肉质性状和屠体性状是当今家禽工业最关注的经济性状。大多数的经济性状属于数量性状，主要是由为数众多的微效基因决定的，这些基因同时具有加性效应、显性效应和上位效应，复杂性状的遗传基础是由影响该表型的遗传因素和环境因素以及它们之间的相互作用共同决定的。国内优质地方鸡普遍存在生长速度缓慢的问题，从而影响了经济效益。因此，多年来，研究人员试图通过大量的试验寻找与鸡的相关经济性状相关的候选基因，为家禽分子选种育种方面提供辅助标记选择。 

应用分子标记的现代育种技术是加快良种选育和提高种群遗传品质，应用分子标记育种首先是在DNA水平上筛查和检测与鸡经济性状密切相关的遗传标记；其次是建立其基因多态性的快速检测方法；然后实现遗传标记辅助选择和实现早期诊断选择。 

单核苷酸多态（Single nucleotide polymorphism，SNP）是指在基因组水平上由于单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP可以在DNA，RNA和蛋白质水平影响基因的功能，是人类可遗传变异最常见的一种，占已知多态性的90%以上。对基因产物有影响的SNP的功能进行分析，意义十分重大。SNP多样性与经济性状的关联分析一直是畜禽遗传学研究的热点。随着miRNA的发现及其研究的深入，研究者发现miRNA不仅参与了动物复杂性状表型形成的分子调控过程，而且其SNP变化还可能导致miRNA功能异常，进而引起生物表型性状的变异。miRNA相关多态的形成机制包括插入、缺失、易位、扩增以及碱基替换。miRNA的多态性是影响miRNA调节功能的重要因素。单个miRNA表达异常时，可能影响数百种靶基因的表达，当其中某些关键蛋白表达量降低时，会导致机体生理功能异常和疾病发生。研究发现，发生在miRNA初级产物、前体及成熟体上的多态性会潜在的影响数以百计基因的表达和通路，从而广泛影响miRNA的功能。 

SNP多态性的检测方法，最常见的有单链构象多态技术（SSCP）、PCR-RFLP和直接测序技术等。但SSCP操作繁琐、耗时长，影响因素较多，且实验过程中存在假阴性问题，所以，并非理想的SNP检测手段；直接测序技术成本较高。许多研究运用了PCR-RFLP方法或PCR与聚丙烯酰胺电泳检测相结合的方法，需要探索一种快速检测基因组DNA序列中几十个核苷酸插入/缺失多态的检测方法。 

发明内容

本发明的目的是提供一种鸡miRNA-1704基因的单核苷酸多态性。 

本发明的目的还在于提供一种鸡miRNA-1704基因的单核苷酸多态性的检测方法。 

本发明的目的还在于提供一种鸡miRNA-1704基因的单核苷酸多态性的检测方法的应用。 

为了实现以上目的，本发明所采用的技术方案是提供一种鸡miRNA-1704基因的单核苷酸多态性，所述单核苷酸多态性为在如SEQ ID NO.3所示的鸡miRNA-1704基因序列中，其序列第148位为C或G。 

本发明所采用的技术方案还在于提供一种鸡miRNA-1704基因的单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤： 

（1）以包含miRNA-1704基因的鸡全基因组DNA为模板，设计一对引物； 

（2）以引物对P为引物，PCR扩增鸡miRNA-1704基因； 

（3）用限制性内切酶EcoRⅠ消化PCR扩增产物，再对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定鸡miRNA-1704基因序列中第148位的单核苷酸多态性：当鸡miRNA-1704基因的第148位点为G时，酶切后电泳图谱为两条带，条带大小为184bp和148bp，命名为GG基因型；当鸡miRNA-1704基因的第148位点为C时，酶切后电泳图谱为一条带，条带大小为332bp，命名为CC基因型；当鸡miRNA-1704基因的第148位点为杂合的个体时，酶切后电泳图谱为三条带，条带大小为332bp,184bp和148bp，命名为GC基因型。所述的引物对P为： 

正向引物：5’-AGCTCTGTTGGGTTGAAGGAGTAG-3’；