[发明专利]检测样品的多元分析

说明书

本申请是申请日为2008年7月17日的申请号为200880106852.1标题为“检测样品的多元分析”的申请的分案申请

相关申请

本申请要求2007年7月17日提交的美国临时申请系列号60/950,281、2007年7月17日提交的美国临时申请系列号60/950,293、2007年7月17日提交的美国临时申请系列号60/950,283、2008年2月26日提交的美国临时申请系列号61/031,420和2008年5月8日提交的美国临时申请系列号61/051,594的权益。本申请还是2007年1月16日提交的美国申请系列号11/623,580和美国申请系列号11/623,535的部分继续申请。所述每篇文献均以其全文援引加入本文。

发明领域

本发明一般性涉及检测样品中靶分子及更特别地检测和/或量化检测样品中可能包含的一或多种靶分子的方法、装置、试剂和试剂盒。这种方法在诊断学应用及在生物标志物发现以及在治疗剂的设计和开发中具有广泛用途。

背景

下述说明书提供了与本发明相关的信息概述，并不承认本文提供的任何信息或参考的出版物是请求保护的发明的现有技术。

检测和量化生物学样品及其它样品中生理学重要分子的测定在科学研究和卫生保健领域是重要工具。一类这样的测定包括使用包括固定于固体支持物上的一或多个适配体（aptamer）的微阵列。所述适配体均能以高特异性方式和极高亲和性结合靶分子。见例如名称为“Nucleic Acid Ligands”的美国专利No.5,475,096，也见例如美国专利No.6,242,246、美国专利No.6,458,543和美国专利No.6,503,715所述，这些专利的名称均为“Nucleic Acid Ligand Diagnostic Biochip”。一旦将微阵列与样品接触，则适配体结合样品中存在的其各自的靶分子，从而可以确定样品中靶分子的存在、不存在、量和/或浓度。

这种测定的一种变化应用包括光反应性官能团的适配体，使得适配体与其靶分子可以共价结合或“光交联”。见例如名称为“Nucleic Acid Ligand Diagnostic Biochip”的美国专利No.6,544,776所述。这些光反应性适配体也称作“光适配体（photoaptamer）”。见例如美国专利No.5,763,177、美国专利No.6,001,577和美国专利No.6,291,184所述，所述专利的名称均为“Systematic Evolution of Nucleic Acid Ligands by Exponential Enrichment:Photoselection of Nucleic Acid Ligands and Solution SELEX”；也见例如名称为“Photoselection of Nucleic Acid Ligands”的美国专利No.6,458,539所述。在微阵列与样品接触及光适配体已经有机会结合其靶分子之后，所述光适配体被光活化，洗涤该固体支持物以除去任何非特异性结合的分子。可以使用严格洗涤条件，因为由于光适配体上被光活化的官能团产生的共价键，因此结合光适配体的靶分子一般不被除去。以这种方式，所述测定可以确定检测样品中靶分子的存在、不存在、量和/或浓度。

在这两种测定形式中，适配体在与样品接触之前均固定于固体支持物上。然而在某些情况中，适配体在接触样品之前的固定可能不提供最佳测定。例如，适配体的预先固定可导致适配体与靶分子在固体支持物表面上的无效混合，可能导致反应时间延长及因此需要延长保温时间以使得适配体与其靶分子有效结合。进一步地，当光适配体用于测定中且依赖于用作固体支持物的材料，该固体支持物可趋于散射或吸收用于实现光适配体与其靶分子之间形成共价键的光。此外，根据使用的方法，与其适配体结合的靶分子的检测可能不精确，因为固体支持物的表面也可以暴露及受使用的任何标记物质的影响。最后，适配体在固体支持物上的固定一般包括适配体-制备步骤(即固定)，之后使适配体暴露于样品，这个制备步骤可以影响适配体的活性或者功能性。

因此，需要通过优化影响如下一或多项的条件提供检测和/量化检测样品中靶分子的高灵敏性测定的方法、装置、试剂和试剂盒：(1)适配体的活性，(2)实现适配体-靶分子复合物结合平衡的效率，(3)适配体与其靶分子之间的共价键形成，(4)除去无关的样品成分及过量的适配体，(5)通过使用慢解离速率（off-rate）适配体解离形成的亲和性复合物，以及(6)检测适配体-靶分子复合物。

发明概述