[发明专利]用于将数据与生物序列关联的方法和装置

说明书

相关申请的交叉引用

本申请是2012年9月27日提交的第13/628,967号美国专利申请的延续，后者的公开内容在此全部引入作为参考。

技术领域

本公开涉及数据到生物序列的模拟绑定，更具体地说，涉及标识与生物序列相关的数据、根据其重要性对数据进行排序，以及根据排序为用户提供数据。

背景技术

生物数据（包括生物序列）的分析可能需要存储在不同计算机上的大量数据，以便执行分析。研究的生物数据可以通过程序注释，以便参考与生物数据相关的数据（例如研究出版物）。这允许研究者查看与生物数据的当前研究相关的其它数据。尽管研究文章和其它出版物对分析生物数据有用，但其它资源也有用，例如分析工具和软件程序。此外，随着时间的流逝，有关作为资源提供的生物数据的信息量在增长。当注释生物数据以便参考相关出版物时，注释也有所增加，这可能使得研究者更加难以标识与当前研究相关的重要信息。

发明内容

示例性实施例包括一种用于将数据与目标生物序列关联的方法。所述方法包括在网络中标识对数据的一个或多个引用，所述数据具有大于预定阈值的相关性级别。所述方法包括将所述一个或多个引用与一个或多个探测序列关联，所述一个或多个探测序列对应于与所述数据有关的生物序列的片段。根据一个或多个准则对所述一个或多个探测序列进行排序，并且至少根据每个引用的排序，为所述一个或多个探测序列分配与所述目标生物序列的片段的亲和性级别。

实施例还包括一种用于对生物序列模拟退火的方法。所述方法包括标识目标生物序列，并根据对数据的多个引用具有高于阈值相关性级别的相关性级别的判定，在网络中将所述多个引用标识为相关引用。所述方法还包括将所述相关引用与所述目标生物序列的至少一个片段关联。所述方法还包括根据预定准则对所述相关引用进行排序，以便确定所述相关引用与所述目标生物序列的所述至少一个片段的亲和性级别。

实施例还包括一种用于对生物序列模拟退火的方法。所述方法包括：由处理器在网络中将对数据的引用标识为与生物序列相关的相关引用；由所述处理器将所述相关引用与所述生物序列的片段关联；以及由所述处理器根据预定准则对所述相关引用进行排序，以便确定所述相关引用与所述生物序列的所述片段的亲和性级别。

通过实现本公开的实施例获得其它特性和优点。在此详细描述本公开的其它实施例和方面，并且这些实施例和方面被视为要求保护的本发明的一部分。为了更好地理解实施例（包括优点和其它特性），请参考说明书和附图。

附图说明

在说明书结尾处的权利要求中具体指出并明确要求保护了被视为本公开的实施例的主题。从下面结合附图的详细描述，实施例的上述和其它特性和优点将显而易见，这些附图是：

图1示出根据本公开的实施例的网络系统；

图2示出根据实施例的模拟退火模块；

图3示出根据本公开的实施例的用户定制显示；

图4A示出根据本公开的一个实施例的退火显示；

图4B示出根据本公开的一个实施例的退火显示；

图5示出根据本公开的另一个实施例的退火显示；

图6示出根据本公开的实施例的表；

图7示出根据本公开的实施例的方法的流程图；

图8示出根据本公开的实施例的计算机系统；以及

图9示出根据本公开的实施例的计算机程序产品。

具体实施方式

可以注释到生物序列的大量数据可能使得研究者难以标识重要数据。本公开的实施例涉及显示数据和引用到生物序列的模拟退火，以便允许研究者快速标识重要信息。

图1示出根据本公开的实施例的网络系统100。系统100包括主计算机110，其包括模拟退火模块111、生物序列112（也称为目标生物序列112）和数据113。模拟退火模块111被配置为分析数据和对数据的引用，以便确定哪些数据是生物序列112的相关数据114，并且根据预定排序准则，确定相关数据114与生物序列112的亲和性级别。主计算机110可以通过以下操作显示确定的亲和性级别：显示生物序列112，显示相关数据114、表示相关数据114的符号或者表示对相关数据114的引用的符号，并且根据相关数据114针对生物序列112的亲和性级别调整相关数据114（或者对应的符号）与生物序列112的距离。