[发明专利]一种黄牛NRIP1基因单核苷酸多态性的检测方法与应用

说明书

技术领域

本发明属于动物分子育种领域，涉及基因单核苷酸多态性，具体涉及一种黄牛NRIP1基因单核苷酸多态性的检测方法与应用。 

背景技术

单核苷酸多态性（SNP）就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A/T/C/G）的替换而引起的多态性。 

牛是人类的重要家畜物种资源之一，它在各国社会经济和人们生活中扮演着重要角色。随着我国经济的发展和人们生活水平的提高，社会对牛产品的需求不断加强，期望牛育种专家尽快培育出更早、更好、更快地获得牛产品的优良品种。在高产、优质和高效的牛育种目标上，牛育种专家一直关注生长发育性状，但现在的问题是仅靠传统育种手段不断改良并提高这些性状，显然是不行的，还需要标记辅助选择(MAS)介导的现代分子育种技术的介入。 

在众多探寻分子遗传标记的方法中，PCR-RFLP是其中一种检测SNP的有效技术，在发现SNP位点后使用限制性内切酶进行切割，然后进行琼脂糖凝胶电泳分析，就能准确的鉴别SNP位点。PCR-RFLP方法不仅具有DNA测序法的准确性，又克服了费用昂贵、繁琐操作、假阳性的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。 

NRIP1蛋白是一种辅助转录抑制转录因子，其可以通过可与多种核受体的AF2相结合对脂肪、肌肉以及肝脏等多种代谢组织的基因表达进行负向调控。沉默NRIP1基因之后，糖酵解、葡萄糖摄取、甘油三酯合成、三羧酸循环、线粒体生物合成、脂肪酸氧化、氧化磷酸化等能量代谢过程增强，相关 途径代谢基因表达上调。以往针对NRIP1基因的功能和多态性研究主要集中在人和小鼠上，对牛NRIP1基因的研究报道很少，因此对牛NRIP1基因的研究是具有重要的意义。国内外未见关于牛NRIP1基因的遗传变异研究，该基因位点的功能研究及其遗传变异与经济性状（如体重等）关联研究仍是空白。 

发明内容

本发明解决的问题在于提供一种黄牛NRIP1基因单核苷酸多态性的检测方法与应用，检测牛NRIP1基因的多态性，并将其与生长性状进行关联分析，验证其是否可以作为黄牛分子育种中辅助选择的分子标记，从而加快良种选育的速度，为中国黄牛品种的改良提供一定的指导作用。 

本发明是通过以下技术方案来实现： 

一种黄牛NRIP1基因单核苷酸多态性的检测方法，以包含NRIP1基因的待测牛基因组DNA为模板，以引物对P605为引物，PCR扩增黄牛NRIP1基因，用限制性内切酶AluI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛NRIP1基因第605位的单核苷酸多态性； 

所述的引物对P605为： 

上游引物F1：CCTAAAGGCAAACAGGACAGCA； 

下游引物R1：GGTTTTCGTGACATCAGGGAAG。 

所述的PCR扩增反应程序为： 

95℃预变性5min；36个循环94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸50s；72℃延伸10min。 

所述的琼脂糖凝胶的质量浓度为3.0%，以110V电泳1.5个小时。 

所述第605位的单核苷酸多态性为：AA基因型表现为205bp的条带， GG基因型表现为183bp和22bp的条带，AG基因型表现为205bp、183bp和22bp的条带。 

黄牛NRIP1基因第605位的单核苷酸多态性在鉴定不同黄牛群体多态性中的应用。 

黄牛NRIP1基因第605位的单核苷酸多态性作为分子标记在黄牛生长性状的辅助育种中的应用。 

所述的分子标记在筛选提高黄牛体重和日增重中的应用。 

所述在辅助育种时，将基因型为AA型的个体留种进行扩繁。 

所述在辅助育种时，将基因型为AA型和GG型组成两个基础群，然后进行杂交，获得基因型为AG型的种群。 

与现有技术相比，本发明具有以下有益的技术效果： 

本发明根据NRIP1基因的序列设计引物，采用DNA池测序技术，以引物对P1、P2、P3、P4、P5为引物，PCR扩增黄牛NRIP1基因产物经测序，发现该基因第605位。针对上述SNP多态性，本发明还公开了其筛查和检测方法，通过设计特定的引物PCR扩增，特定的限制性内切酶酶切鉴定，能够简单、快速、成本低、精确的检测其单核苷酸的多态性。 

本发明对5个牛品种的SNP基因型进行了检测和基因频率分析，对上述SNP位点与南阳牛部分生长性状（如体重等）进行关联分析，结果表明该位点能够作为提高黄牛体重和日增重性状的分子标记。