[发明专利]考虑种子片段的长度的碱基序列处理系统及方法

权利要求书

1.一种碱基序列处理系统，其特征在于，包括：

种子片段提取部，从对象碱基序列提取种子片段；

索引生成部，将由所述种子片段提取部提取的所述种子片段编入索引，

所提取的所述种子片段的长度通过考虑从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数来设定。

2.如权利要求1所述的碱基序列处理系统，其特征在于，所提取的所述种子片段的长度被确定成使从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数为预定的值以下。

3.如权利要求1所述的碱基序列处理系统，其特征在于，所述种子片段的长度根据下面的数学式而确定，

S＞log_k·3R

其中，S为种子片段的长度，R为对象碱基序列的长度，B为构成所述对象碱基序列的碱基的数量，K为从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同的序列的种子片段的频数设定值。

4.如权利要求3所述的碱基序列处理系统，其特征在于，具有相同的序列的种子片段的频数设定值K设定为3以下。

5.如权利要求1所述的碱基序列处理系统，其特征在于，当所述对象碱基序列为人类的基因组序列时，所述种子片段的长度确定为15以上。

6.如权利要求1所述的碱基序列处理系统，其特征在于，所述碱基序列处理系统还包括存储器，所述种子片段的长度通过考虑从所述索引生成部生成的索引的容量以及所述存储器容量而确定。

7.如权利要求1所述的碱基序列处理系统，其特征在于，当所述对象碱基序列为人类的基因组序列时，所述种子片段的长度确定为30以下。

8.一种基因组分析系统，其特征在于包括如权利要求1至7中任意一项所述的碱基序列处理系统。

9.一种碱基序列处理装置，其特征在于，该装置包括一个以上的处理器、存储器、一个以上的程序，所述一个以上程序存储于所述存储器且由所述一个以上的处理器执行，所述程序包括：从对象碱基序列提取种子片段的过程；将所提取的所述种子片段编入索引的过程；以及通过考虑从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数来确定所述种子片段的长度的过程。

10.一种碱基序列处理方法，其特征在于，包括步骤：

由碱基序列处理系统从对象碱基序列提取种子片段；

由所述碱基序列处理系统将所提取的所述种子片段编入索引，

所述种子片段的长度通过考虑从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数来设定。

11.如权利要求10所述的碱基序列处理方法，其特征在于，在提取所述种子片段的步骤中所提取的所述种子片段的长度被确定成使从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数变成预定的值以下。

12.如权利要求10所述的碱基序列处理方法，其特征在于，所述种子片段的长度根据下面的数学式而确定，

S＞log_k·3R

其中，S为种子片段的长度，R为对象碱基序列的长度，B为构成所述对象碱基序列的碱基的数量，K为从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同的序列的种子片段的频数设定值。

13.如权利要求12所述的碱基序列处理方法，其特征在于，具有相同的序列的种子片段的频数设定值K设定为3以下。

14.如权利要求10所述的碱基序列处理方法，其特征在于，当所述对象碱基序列为人类的基因组序列时，所述种子片段的长度确定为15以上。

15.如权利要求10所述的碱基序列处理方法，其特征在于，所述种子片段的长度通过考虑从所述索引生成步骤中生成的索引的容量以及包括与所述碱基序列处理系统的存储器的容量而确定。

16.如权利要求10所述的碱基序列处理方法，其特征在于，当所述对象碱基序列为人类的基因组序列时，所述种子片段的长度确定为30以下。

17.一种碱基序列处理方法，其特征在于包括由碱基序列处理系统从对象碱基序列提取种子片段的步骤，

所述种子片段的长度通过考虑从所述对象碱基序列提取的种子片段中具有相同序列的种子片段的频数来设定。

18.如权利要求17所述的碱基序列处理方法，其特征在于，当所述对象碱基序列为人类的基因组序列时，所述种子片段的长度确定为15以上。