[发明专利]用于乳腺癌的体外诊断或预后的方法

说明书

内源逆转录病毒构成传染性逆转录病毒的后代，其以它们的原病毒形式整合入种系细胞，并通过这种方式传染入宿主后代的基因组。

人类基因组测序使显示极高丰度的转座因子或其衍生物成为可能。实际上，重复序列代表接近一半的人类基因组，而内源逆转录病毒和逆转录转座子组成所述基因组的8％，当前元件数目接近超过400,000个。

目前存在于人类基因组的内源逆转录病毒元件(ERVs)的丰度是约100代内生化(endogenizations)的结果，其成功地发生在人类品系的进化过程中。在我们的时代之前，内生化的不同波动跨越范围从200万年到9000万年的周期，并通过“拷贝/粘贴”型现象继之以拷贝数目的扩增，具有错误表型的可能性，起因于，源于HERVs家族(即显示序列同源性的一组元件)形成中的遗传原病毒。根据推测最古老的元件(HERV-L家族的那些元件)在哺乳动物出现之前已经整合。两个家族(HERV-F和HERV-H)在第一代灵长类动物塑造它们的外观时期已经出现。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族(在4000到5500万年前整合)是对高等灵长类动物特异的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500万年到1000万年后整合，在与新大陆猴(New World monkeys)分离后，并且对狭鼻猴(似人猿的(Hominoids)和猕猴科(Cercopithecidae))是特异的。

ERV序列在全部染色体上呈现，具有根据家族的不同密度，在ERVs的物理邻近性与它们的种系发生邻近性之间不存在相关性。

很长一段时间内，ERVs被认为是寄生物或是简单的DNA废物。尽管如此，ERVs对生物体的影响不是仅仅限于它们过去在模式化基因组中的参与或仍能提供支持的有害重组。

ERVs的丰度和结构复杂性使它们的表达分析非常复杂，并且常常难于解释。HERV表达的检测可以反映相同家族内一个或更多个基因座的转录活化。此外活化的单个基因座或多个基因座可能根据组织和/或背景而不同。

本发明人现在已经发现和证明，对应于精确鉴定的内源逆转录病毒元件的基因座的核酸序列与乳腺癌有关，并且这些序列是病理性病症的分子标记物。鉴定的序列或者是原病毒，即序列包含位于长末端重复(LTRs)5'和3'位置侧翼的所有或部分gag、pol和env基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分离的基因。鉴定的DNA序列在序列表中分别用SEQ ID NO:1到31表示，它们的染色体位置在下文表中(NCBI36/hg18)标出，而它们的表达、过表达或低表达用癌症样本和正常样本之间的“表达比值”来表示。

表

因此本发明的主题是一种用于取自患者的生物样本中乳腺癌体外诊断或乳腺癌严重性体外预后的方法，其包括检测至少一种核酸序列的至少一种表达产物的步骤，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到31所示序列或选自与SEQ ID NOs:1到31所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。

所述诊断使确定个体是否患病成为可能。所述预后使确定疾病的严重程度(分级和/或阶段)(其影响个体的生存和/或生活质量)成为可能。在本发明的背景下，诊断可以是非常早的。

通过考虑基因组的核苷酸多样性确定如上所述的百分比同一性。已经知道在富含重复序列的基因组区域中其核苷酸多样性要高于不包含重复序列的区域。举例来说，Nickerson D.A.等人(1)已经显示在包含重复序列的区域中大约0.3％(0.32％)的多样性。