[发明专利]降低基因组复杂度和多态性检测的方法

权利要求书

1.一种用于产生基因组的简化形式的方法，其包含以下步骤：

（a）通过聚合酶链反应（PCR）使用第一寡核苷酸引物组对基因组的区域进行扩增以产生第一核酸产物；

（b）通过将步骤（a）的核酸产物与双链特异性核酸酶接触有效量的时间以消化步骤（a）的最丰富的双链核酸产物而标准化步骤（a）的核酸产物；和

（c）使用第二寡核苷酸引物组通过PCR扩增步骤（b）的标准化的核酸产物以产生具有接头序列的第二核酸产物，

其中步骤（c）的核酸产物代表基因组的简化形式。

2.根据权利要求1的方法，其中

（A）第一引物组的引物包含，从3'末端开始：（ⅰ）结合基因组的独特靶区域的特异性序列；（ⅱ）结合基因组的所有可能的序列组合的序列；及（iii）尾序列；和

（B）第二引物组的引物包含，从5'末端开始：（ⅰ）被设计为支持DNA分子与表面的结合的接头序列；和（ⅱ）与步骤（A）的引物的尾序列互补的序列。

3.根据权利要求2的方法，其中所述的第一寡核苷酸引物组的所述引物进一步包含条码序列。

4.根据权利要求2的方法，其中所述第一寡核苷酸引物组的引物的所述特异性序列包含约5至约10个核苷酸。

5.根据权利要求4的方法，其中所述特异性序列包含6个核苷酸。

6.根据权利要求2的方法，其中结合基因组中的所有可能的序列组合的序列是简并序列。

7.根据权利要求6的方法，其中所述简并序列包含约5至约15个核苷酸。

8.根据权利要求7的方法，其中所述简并序列包含10个核苷酸。

9.根据权利要求2的方法，其中所述结合基因组中的所有可能的序列组合的序列是通用核苷酸序列。

10.根据权利要求9的方法，其中所述通用核苷酸序列包含约5至约15个核苷酸。

11.根据权利要求1的方法，其中步骤（a）中PCR的扩增循环次数是约15至约25。

12.根据权利要求1的方法，其中所述双链特异性核酸酶是来自勘察加蟹。

13.根据权利要求1的方法，其中步骤（b）的所述接触进行约2至约8小时。

14.根据权利要求1的方法，还包括测序步骤（c）的第二核酸产物。

15.根据权利要求1的方法，其中产生多个基因组的简化形式。

16.根据权利要求1的方法，其中步骤（b）和（c）包括复用多个样品。

17.一种寡核苷酸引物，其中该寡核苷酸引物包含：

（a）从3'末端开始：（ⅰ）结合基因组的独特靶区域的特异性序列；（ⅱ）结合基因组中所有可能的序列组合的序列；及（iii）尾序列；或

（b）从5'末端开始：（ⅰ）被设计为支持DNA分子与表面的结合的接头序列；和（ⅱ）与权利要求2的步骤（A）的引物的尾序列互补的序列。

18.根据权利要求17的寡核苷酸引物，其中（a）的寡核苷酸引物进一步包含条形码序列。

19.根据权利要求17的寡核苷酸引物，其中（a）的寡核苷酸引物的特异性序列包含约5至约10个核苷酸。

20.根据权利要求19的寡核苷酸引物，其中所述特异性序列包含6个核苷酸。

21.根据权利要求17的寡核苷酸引物，其中结合基因组中的所有可能的序列组合的序列是简并序列。

22.根据权利要求21的寡核苷酸引物，其中所述简并序列包含约5至约15个核苷酸。

23.根据权利要求22的寡核苷酸引物，其中所述简并序列包含10个核苷酸。

24.根据权利要求17的寡核苷酸引物，其中结合基因组中所有可能的序列组合的序列是通用核苷酸序列。

25.根据权利要求24的寡核苷酸引物，其中所述通用核苷酸序列包含约5至约15个核苷酸。