[发明专利]一种与前列腺癌易感性相关的单核苷酸多态性位点及其应用

说明书

技术领域

本发明属于生物技术的基因领域，具体涉及一个与前列腺癌易感性相关的单核苷酸多态性位点及其应用。

背景技术

前列腺癌（Prostate cancer, PCa）是男性中第二大常见肿瘤，在癌症相关死因中位于第六位，全球每年预计新发病例91.4万人，病死例数约25.8万人(Jemal A, Bray F, Center MM, Ferlay J, Ward E, Forman D. Global cancer statistics. CA Cancer J Clin 2011 ;61, 69-90 .)。前列腺癌的病因大多不是很清楚，目前的研究结果表明，除了年龄和种族，家族史是前列腺癌发病另一主要的高危险因素(Gronberg H. Prostate cancer epidemiology. Lancet. 2003 ;361(9360):859-64.)。这种家族聚集性在很大程度上提示了遗传因素对前列腺癌发生风险的影响。在一项双胞胎研究中发现，遗传因素能解释42%前列腺癌的发病风险(Lichtenstein P, Holm NV, Verkasalo PK, Iliadou A, Kaprio J, Koskenvuo M et al. Environmental and heritable factors in the causation of cancer--analyses of cohorts of twins from Sweden, Denmark, and Finland. N Engl J Med. 2000 ;343, 78-85.)。造成差异的遗传物质基础之一就包括SNP（单核苷酸多态性）。SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多(Collins F.S., Brooks L.D., Chakravarti A. A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation. Genome Res. 1998,8(12) ,1229-31.)。目前，SNP是研究人类常见疾病遗传变异的重要依据。而全基因组关联研究是系统找出疾病SNP遗传变异的、具有良好前景的分子遗传学研究方法。

本发明通过全基因组关联研究，选择19q13.4区域作为所研究的基因，同时选择19q13.4区域上的SNP位点作为所研究的方向。经对国内外文献检索，至今未见有19q13.4遗传区域与前列腺癌相关联的报道，也没有19q13.4区域上多态性位点与前列腺癌的相关性报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与前列腺癌易感性相关的遗传区域19q13.4部分基因序列，通过rs103294单核苷酸多态性位点的遗传研究，提出一个可作为判定前列腺癌高危人群的易感SNP位点，以利于前列腺癌高危人群的筛查，以利于预防和治疗。

本发明研究表明，遗传区域19q13.4与前列腺癌的易感性相关。本发明首先提供与前列腺癌易感性相关的遗传区域19q13.4上的部分基因序列，该基因序列的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示，其第501位为T/C。 

本发明还提供与前列腺癌易感性相关的遗传区域19q13.4上的一单核苷多态性位点，rs103294：rs103294位于基因LILRA3附近；rs103294碱基为T/C；rs103294的SNP序列通过http://genome.uscs.edu/ 数据库获得，其序列如SEQ.ID.NO.2所示。

本发明还提供检测一单核苷酸多态性位点的特异性核酸引物：SEQ.ID.NO.3、SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5，且特异性地扩增出单核苷酸多态性位点的扩增产物。 

本发明关于与前列腺癌易感性相关的遗传区域19q13.4基因序列，其获得rs103294序列的具体步骤如下：