[发明专利]SNP检测筛选鸡的丝羽性状的方法

说明书

技术领域

本发明涉及SNP检测筛选鸡的方法，具体涉及SNP检测筛选鸡的丝羽性状的方法。

背景技术

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)，是指在基因组上单个核苷酸的变异，在遗传物质传递过程中可以稳定遗传给后代，因此可以作为分子标记进行育种和保种。

外貌是鸡（Gallus gallus domesticus）重要的品种特征之一，在育种和保种中占据了重要地位，目前，对于控制鸡外貌特征的分子标记研究仍然较少，仅有少量的外貌特征能够通过分子标记进行辅助选择育种。

羽毛是动物最复杂的外皮附属物之一，具有不同的形状、大小、花纹、色素沉积等各种方面的表型变异，而且变异可以发生在羽毛发育和分化的每个阶段，因此可以作为研究进化和发育的一种理想的模型。羽毛发育的过程中可以形成部分或全部的羽枝结构，构成了不同的羽毛类型。家禽遗传学家、动物学家和胚胎学家等多个领域的研究者都对决定羽毛形态的影响因素进行了很多研究，但是迄今为止，对于羽毛形态发生相关性状的突变仍然知之甚少（Lucas,A.M.and P.R.Stettenheim.Avian anatomy:integument.1972:U.S.Government Printing Office;1st edition）。丝羽，就是丝状的羽毛结构，是丝羽乌骨鸡等的特征性状之一。达尔文最早发现丝羽表型相对于正常羽毛来讲是隐性遗传的性状，后来被证实是单基因遗传的孟德尔性状（Dunn,L.C.and M.A.Jull.On the Inheritance of some characters of the Silky fowl.J Genet,1927,19:27-63)。丝羽在身体部分的廓羽羽枝中缺少了羽小钩的结构，因而羽小枝之间不能连接在一起，所以羽毛比较蓬松，不能紧密覆盖在皮肤上。丝羽的羽小枝结构相对于片羽来讲，变得更加细长。

目前，Shh（Sonic hedgehog）和Bmp2（Bone morphogenetic protein2）信号通路之间的互作已被证实和羽枝的形成等有关（Harris,M.P.,S.Williamson,J.F.Fallon,et al.Molecular evidence for an activator-inhibitor mechanism in development of embryonic feather branching.Proc Natl Acad Sci U S A,2005,102(33):11734-11739），其中，但是关于羽小钩的发育和分化，在分子水平的研究还很少，更缺少检测鸡的丝羽性状分子标记方法。

发明内容

针对目前缺少检测鸡的丝羽性状分子标记方法的现状，本发明的目的是提供SNP检测筛选鸡的丝羽性状的方法。

CAU资源家系是由中国农业大学李宁教授课题组1998年建立的用于定位影响鸡重要经济性状作用基因的实验群体，亲本为法国明星肉鸡和泰和丝羽乌骨鸡（Deng,X.M.,Li,J.Y.,Li,N.,and Wu,C.X.(2001).Genetic analysis of important growth trait based on F-2 resource population in chicken.Yi Chuan Xue Bao 28,801-807）。在CAU资源家系中记录了F₀、F₁和F₂代个体的丝羽性状，通过连锁分析定位了影响鸡丝羽性状的基因位点在鸡3号染色体上，通过分析该区域的基因序列，分离得到了影响鸡丝羽性状的基因和序列变异。本发明的检测鸡丝羽性状的分子标记方法，是利用鸡3号染色体的十聚异戊二烯焦磷酸合成酶2亚基（Decaprenyl-diphosphate synthase subunit 2，PDSS2）基因和正弦复眼结合蛋白（Sine oculis-binding protein homolog，SOBP）基因之间，位于第3号染色体70486623bp位点的一个核苷酸进行单核苷酸多态性检测，根据检测结果判定鸡的丝羽基因为纯合或杂合。

本发明提供SNP检测筛选鸡的丝羽性状的方法，包括如下步骤：

1）提取待测鸡DNA样品，用DNA特异性引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

2）对PCR扩增产物中的鸡第3号染色体70486623bp位点进行单核苷酸多态性（SNP）检测。