[发明专利]建立幽门螺杆菌核酸指纹图谱的方法及其产品

权利要求书

1.建立幽门螺杆菌核酸指纹图谱的方法及其产品，其特征在于，它至少包括如下步骤：

（1）PCR反应：使用针对幽门螺杆菌的PCR通用引物，进行PCR扩增，得到含扩增目标区域的PCR产物；

（2）SAP酶消化：用碱性磷酸酶（SAP酶）处理步骤（1）得到的PCR产物；

（3）转录和核酸酶切：使用特定的转录和内切酶，分别在一个反应体系中，对步骤（2）得到的各个消化产物进行转录和核酸酶切，获得一系列长度不一、丰度不一的核酸片段；

（4）纯化：使用树脂处理步骤（3）得到的酶切产物；

（5）质谱仪检测：将步骤（4）得到的纯化产物上点在含有基质的靶片上，上质谱仪进行检测，得到不同细菌的特征核酸指纹谱图。

2.根据权利要求1的方法，其中通用引物包括但不限于SEQ ID No：1和SEQ ID No：2所示序列；且用于核酸酶切的特定酶，包括但不限于RNaseA酶。

3.权利要求1或2的方法，其中步骤5的纯化包括在转录和酶切产物中加入超纯水，混匀后，再加入树脂，上下颠倒混匀15分钟；所述质谱仪是MALDI TOF MS质谱仪。

4.利用权利要求1的方法用于建立幽门螺杆菌标准核酸指纹特征图谱的方法，至少包括：上述步骤1-5，和；

(6)将步骤5得到的幽门螺杆菌核酸指纹特征图谱，通过计算机软件进行汇总和整理，得到所述的幽门螺杆菌的标准核酸指纹特征图谱。

5.权利要求4的方法，其中所述软件是BioExplore软件，其版权号为软著登字第136879号、登记号2009SR10700。

6.利用权利要求4的方法所建立的幽门螺杆菌标准核酸指纹特征图谱，用于幽门螺杆菌鉴定或分类的方法，包括：

（1）PCR反应：使用针对细菌的PCR通用引物，扩增待测细菌的核酸模板，得到含扩增目标区域的PCR产物；

（2）SAP酶消化：用碱性磷酸酶（SAP酶）处理步骤（1）得到的PCR产物；

（3）转录和核酸酶切：使用特定的转录和内切酶，在一个反应体系中，对步骤（2）得到的细菌的消化产物进行转录和核酸酶切，获得一系列长度不一、丰度不一的核酸片段；

（4）纯化：使用树脂处理步骤（3）得到的酶切产物；

（5）质谱仪检测：将步骤（4）得到的纯化产物上点在含有基质的靶片上，上质谱仪进行检测，得到该细菌的核酸指纹特征图谱；

（6）将所得核酸指纹特征图谱与幽门螺杆菌标准核酸指纹特征图谱进行比较，从而判断待测细菌是否为幽门螺杆菌。

7.权利要求6的方法，其中步骤6通过BioExplore软件进行比较检测。

8.提供能用于幽门螺杆菌分类和鉴定的试剂盒，包括：

（1）用于扩增细菌DNA的通用引物对及其缓冲液；

（2）SAP酶及其缓冲液；

（3）RNAase及其缓冲液；

（4）用于纯化酶切产物的树脂；

（5）用于比对核酸指纹特征图谱的分析软件。

9.权利要求8的试剂盒，其中所述引物是SEQ ID NO:1-2。

10.权利要求8或9的试剂盒，其中所述软件是BioExplore软件，其版权号为（软著登字第136879号、登记号2009SR10700）。