[发明专利]烟草基因组分子标记探针与序列集合群及获得方法与应用

权利要求书

1.一种烟草基因组分子标记探针与序列集合群，其特征在于：包括序列表中所列出的№9~№25任一序列的全部或者部分序列。

2.一种权利要求1所述的烟草基因组分子标记探针与序列集合群的获得方法，包括序列群获得、独立序列获得、未知序列筛选、新序列筛选、新序列鉴别，其特征在于（具体包括）：

A、序列群获得：搜索和聚集目前公开的烟草基因组原始序列，建立一个烟草基因组序列数据库，以MITE-Hunter软件扫描该数据库，挖掘出；

B、独立序列获得：侯选系列利用MITE二级结构的预测技术，归类MITE候选序列，并去除冗余序列，获得独立的MITE候选序列集合；

C、未知序列筛选；以这些候选MITE序列为模板，同源搜索目前所有的MITE序列数据库，除去已知获已报道的MITE序列，并筛选出未知类型的MITE候选序列；

D、新序列筛选：以TD技术鉴定和分析每一类候选MITE序列在不同烟草品系的拷贝数和多态性，筛选出明确的MITE新序列集合；

E、新序列鉴别：利用筛选完成的MITE新序列集合，分别设计Southern杂交探针、IMP引物和TD引物，以Southern杂交、IMP和TD方法逐一评价以上这些MITE新序列的应用价值，并最终确认一种高分辨各类烟草品种方法的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群。

3.如权利要求2所述的获得方法及其优化的PCR反应体系。

4.一种如权利要求1所述的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群的用于烟草分子标记辅助育种，也就是烟草新品种的选择和培育。

5.一种如权利要求1所述的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群的用于烟草遗传图谱的构建和烟草DNA指纹的鉴别。

6.一种如权利要求1所述的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群的用于在烟草基因组中定位重要的功能基因并克隆。

7.一种如权利要求1所述的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群的用于烟草重要农艺性状的早期鉴别和筛选。

8.一种如权利要求1所述的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群的用于不同烟草品系的亲缘关系鉴别，在混杂的烟草样品中鉴别其品系构成、烟草栽培品系与其野生种的区分。

9.一种如权利要求1所述的烟草基因组分子标记的探针与序列集合群的用于烟草产品的真伪鉴定，鉴别烟草制品中的原料构成。