[发明专利]一种黄牛FBXO32基因单核苷酸多态性及作为分子标记的检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及一种检测黄牛FBXO32基因单核苷酸多态性的方法。

背景技术

单核苷酸多态性(SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的SNP(coding SNP，cSNP)比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5。但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。然而随着科学的发展，很多研究表明位于基因内含子中的SNP会影响基因的转录效率从而间接的影响基因的功能，所以内含子的多态性也引起了关注。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据。

近年来，人们发展了许多用于探寻分子遗传标记的方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、直接测序技术和PCR-RFLP等，但SSCP操作繁琐、耗时长，结果易造成误判；而直接测序技术成本又较高。因此，把构建DNA池进行测序和PCR-RFLP结合在一起的方法是一种检测SNP的有效技术，在发现SNP位点后使用限制性内切酶进行切割，然后进行琼脂糖凝胶电泳分析，就能准确地鉴别SNP位点。PCR-RFLP方法不仅具有DNA测序法的准确性，又克服了SSCP费用昂贵、繁琐操作、假阳性率高的缺点，而且所检测的序列位点无特殊性要求。

FBXO32蛋白是F-box蛋白家族的成员，是泛素蛋白连接酶复合体组成之一。目前，对于FBXO32基因的研究多在人类和小鼠上，主要在肌肉的代谢过程以及相关疾病发生机理等方面做了大量研究。国内外尚未见关于牛FBXO32基因遗传变异的研究。中国黄牛FBXO32基因遗传变异领域的研究匮乏，该基因位点的功能研究及其遗传变异与经济性状(如：体斜长和日增重等性状)关联的研究仍是空白。由于FBXO32基因功能涉及日增重等生长性状，本发明提供的检测方法为FBXO32基因的SNP与生长性状关系的建立奠定了基础，以便用于中国黄牛生长性状的标记辅助选择(MAS)，快速建立遗传资源优良的黄牛种群。

发明内容

本发明解决的问题在于利用PCR-RFLP和ACRS-PCR-RFLP方法检测黄牛FBXO32基因的多态性，并将其与生长性状进行关联分析，验证其是否可以作为黄牛分子育种中辅助选择的分子标记，从而加快良种选育速度。

本发明是通过以下技术方案来实现：

一种黄牛FBXO32基因单核苷酸多态性及作为生长性状分子标记的检测方法，以包含FBXO32基因的待测黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1、P2、P3为引物，PCR扩增黄牛FBXO32基因部分片段；用限制性内切酶HaeIII、HaeIII、BfaI分别消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛FBXO32基因第22830位、第44675位、第53423位的单核苷酸多态性。

所述的引物对P1为：

上游引物：5′CAGGTCCCCGTCCATCAGTC 3′

下游引物：5′GGAAGCGTTTCCAGCCATCGGC 3′

所述的引物对P2为：

上游引物：5′GGCCCTGTCTGCCATTTATCT 3′

下游引物：5′TTCCATCCACTCACATTCCCT 3′

所述的引物对P3为：

上游引物：5′CCAAACAGTCACCGCATCTCC 3′

下游引物：5′AGGGCCTGCATCAGTCTTACC 3′

所述的PCR扩增反应程序为：

94℃预变性5min；

34个循环：94℃变性30s，T_m(分别为66℃，58.5℃，64.7℃)退火30s，72℃延伸30s；

72℃延伸10min。