[发明专利]一种检测黄牛PPARGC1A基因单核苷酸多态性的方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因单核苷酸多态性的检测，特别涉及一种检测黄牛PPARGC1A基因单核苷酸多态性的方法。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心的学者Lander(1996)提出的一类遗传标记系统，就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的变化而引起的多态性。它的变异形式有：颠换、转换、插入和缺失等，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型的碱基变异的SNPs约占2/3。在任何已知或未知的基因内或附近都可能找到数量不等的SNPs，基因编码区内的SNPs(cSNPs)比较少，因为在外显子内的变异率仅占周围序列的1/5，但它在遗传病和育种的研究中却具重要意义，因此倍受关注。

标记辅助选择就是将现代生物技术与常规选择方法相结合，通过对遗传标记的选择来间接选择控制某性状的数量性状位点(QTL)，使之能够同时利用标记位点信息和数量性状的表型信息，更准确估计动物个体的育种值，提高选择效率，加快育种进展。标记辅助选择主要经历了三个阶段：第一阶段是家畜各性状间的遗传分析；第二阶段是蛋白质(酶)标记对数量性状的标记阶段；第三个阶段是分子遗传标记阶段。随着分子标记技术日渐成熟与丰富，使覆盖整个基因组的标记成为可能，通过与QTL间的连锁分析，实现分子标记辅助选择的目标。SNP作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。分子育种，即分子标记辅助选择(molecularmark-assist selection，MAS)，该技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良，它是利用现代分子生物学和传统遗传育种相结合的方法，进行新品种选育。在畜禽育种中，人们期望，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

近年来，人们发展了许多用于探寻分子遗传标记的方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、PCR-RFLP和直接测序技术等，SSCP它可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变。Takao经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90％可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来。另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯。用这种方法可以最终从DNA序列水平上鉴别突变DNA片段。该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器。

过氧化物酶体增殖激活受体γ共激活因子(peroxisome proliferator-activated receptor coactivator 1 alpha，PGC-1α)，编码基因为PPARGC1A，是转录共激活因子家族的一员，可以被冷刺激强烈诱导表达，刺激适应性产热以适应环境，在细胞能量代谢方面起重要作用。PGC-la参与多种代谢过程，包括线粒体的生物合成、葡萄糖的摄取、肝脏糖异生、脂肪酸β氧化、脂肪细胞分化、肌肉类型转换等。

在人类医学研究中，PPARGC1A主要用来研究一些与代谢相关的疾病，如能量代谢障碍疾病、肥胖症、糖尿病等。在动物遗传育种研究中，由于PGC-1α参与机体能量平衡和脂肪代谢调控的整个过程，PPARGC1A基因被作为影响动物生长、疾病发生和生物体内各种物质合成的侯选基因，研究动物的生长发育、肉类品质及产乳特性。然而未见在中国黄牛PPARGC1A基因遗传多态性及其对黄牛生长性状相关效应研究的报道。目前中国黄牛PPARGC1A基因遗传变异领域的研究匮乏，该基因位点的功能研究及其遗传变异与生长发育性状(如：初生重、体重、日增重、体高、体重、体斜长、坐骨端宽等生长性状)关联的研究仍是空白。

发明内容

本发明解决的技术问题在于提供一种检测黄牛PPARGC1A基因单核苷酸多态性的方法，寻找与经济性状关联的SNP作为分子标记，加快具有优质经济性状黄牛种群的建立。

本发明通过以下技术方案来实现：