[发明专利]山羊SH2B1基因单核苷酸多态性位点及其检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及山羊SH2B1基因单核苷酸多态性位点及其检测方法。

背景技术

单核苷酸多态性(SNP)指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型变异的SNPs约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上。CpG二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。

根据对遗传性状的影响，基因多态性又可分为两种：一种是同义突变多态性，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义突变多态性，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变，从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNPs的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响；尤其对于无义密码子突变来说，更可能会导致所编码的蛋白发生重大变化，从而影响它的功能发挥，对个体的表现型产生重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNPs作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。

近年来，人们发展了许多用于探寻分子遗传标记的方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、PCR-RFLP和直接测序技术等。SSCP可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变。Takao经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90％可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来。另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯。用这种方法可以最终从DNA序列水平上鉴别突变DNA片段。该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器。

胰岛素通过促进骨骼肌和脂肪组织对于葡萄糖的摄取以及抑制肝脏葡萄糖的生成以降低血糖。胰岛素与胰岛素受体结合并使其活化。胰岛素受体酪氨酰(基)使胰岛素受体底物(IRS-1，-2，-3，以及-4)磷酸化。IRS蛋白，特别是IRS-1和IRS-2，可以启动和协调多个下游途径，包括磷脂酰肌醇3-激酶/Akt信号途径。Src同源区2(SH2)B接头蛋白1(SH2B1；原名SH2-B)是接头蛋白家族的一个成员。SH2B1是一组对于许多种信号通路起作用的衔接子，涉及关于一些受体酪氨酸激酶，包括胰岛素受体的信号转导途径。SH2B1是一个异常的内源性胰岛素致敏物，它能够直接同时与胰岛素，IRS-1以及IRS-2相结合，从而通过促进胰岛素受体催化活性和抑制IRS蛋白的酪氨酸脱磷酸作用来增强胰岛素敏感性。在肌肉，肝脏，脂肪组织中，SH2B1形成二聚体，SH2B1二聚体中的每一个SH2B1分子可同时与胰岛素受体以及IRS-1(或IRS-2)结合，介导复合体的形成，从而保护IRS蛋白免于酪氨酸脱磷酸化，并刺激胰岛素受体的催化活性，从而在整体上激活胰岛素受体的下游通路。因此，研究哺乳动物SH2B1基因遗传变异和分子遗传特征具有重要理论和实践意义。

目前，对于SH2B1基因遗传变异的研究较少，着重在小鼠和人类肥胖症上。国内外关于家畜SH2B1基因遗传变异的研究，除了最近SH2B1基因SNP与中国黄牛生长性状之外，目前在山羊中还未见相关报道。由于SH2B1基因对于维持正常体重，胰岛素敏感性以及葡萄糖代谢所必需，本发明提供的检测方法为SH2B1基因SNP与体尺性状关系的建立奠定了基础，以便用于中国山羊生长性状的标记辅助选择(MAS)，快速建立遗传资源优良的山羊种群。

发明内容

本发明解决的问题在于利用PCR产物混合测序的方法筛查山羊SH2B1基因的多态性位点，提供了一种山羊SH2B1基因SNP的筛查和检测方法。通过关联分析寻找与山羊体尺性状相关的SNP作为分子标记，以功能SNP作为山羊分子育种和辅助选择的标记，加快良种选育速度和提高种群品质。

本发明是通过以下技术方案来实现：

本发明根据SH2B1基因的外显子设计引物，分别以4种山羊品种的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，对PCR产物混合并纯化，测序后得到山羊SH2B1基因的部分序列。

一种山羊SH2B1基因的单核苷酸多态性，其基因多态性包括：在山羊的SH2B1基因第4356位为T或C的碱基多态性；在山羊的SH2B1基因第6033位为G或A的碱基多态性。