[发明专利]狼山鸡POU1F1基因单核苷酸多态性位点及其检测方法

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及狼山鸡POU1F1基因第3109酸多态性位点及其检测方法。

背景技术

基因多态性是指不同物种或同一物种内不同个体间基因组序列的差异，这些差异是由于染色体中DNA等位基因中核苷酸改变引起，它包括碱基的替换、插入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。

单核苷酸多态性(SNP)指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型变异的SNPs约占2/3，其他几种SNP在相似的水平上。CpG二核苷酸的胞嘧啶是基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。

根据对遗传性状的影响，基因多态性又可分为两种：一种是同义突变多态性，即SNP所致编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的“含义”相同；另一种是非同义突变多态性，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变，从而产生蛋白质序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。因此，对编码区SNPs的非同义突变来说，它们可能对基因功能有直接的重要影响；尤其对于无义密码子突变来说，更可能会导致所编码的蛋白发生重大变化，从而影响它的功能发挥，对个体的表现型产生重要影响。不仅如此，在群体遗传研究中，这些SNPs作为遗传标记在群体遗传和生物进化的研究中也具有重要意义。

近年来，人们发展了许多用于探寻分子遗传标记的方法，最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、PCR-RFLP和直接测序技术等。SSCP可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变。Takao经实验证明小于300bp的DNA片段中的单碱基突变，90％可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来。另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯。用这种方法可以最终从DNA序列水平上鉴别突变DNA片段。该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器。

垂体特异性转录因子(Pituitary specific transcription factor 1，POU1F1，原称pit-1)，由Pit-1基因编码，是家禽垂体前叶特异表达的一种具有重要功能的DNA结合蛋白，参与调节机体的细胞生长与发育。POU1F1与垂体中PRL基因、GH基因、TSHβ基因以及Pit-1自身的启动子结合，调控这些基因的转录，通过调节这些基因的表达而对家禽的生长、发育、繁殖和免疫等很多方面起着重要的作用。POU1F1基因被认为是神经内分泌生长轴的重要成员，对动物的生长发育发挥着重要调节作用。POU1F1基因已被当作重要候选基因在畜禽中开展了大量研究，目前已被证明与猪、牛、山羊、等众多畜禽的生长发育、屠宰性状及肉质性状显著相关。

狼山鸡作为我国古老的优良地方品种，是著名蛋肉兼用型鸡种之一。目前，狼山鸡的开发利用处于最佳发展时期。但是迄今为止，在狼山鸡上关于POU1F1基因的遗传特征以及基因多态性与狼山鸡的生长性状之间的相关性尚未有报道，基于已有的研究成果，将进一步探讨POU1F1基因的功能。

发明内容

本发明解决的问题在于利用PCR产物混合测序的方法筛查狼山鸡POU1F1基因的多态性位点，提供了一种狼山鸡POU1F1基因多态性的筛查和检测方法。通过关联分析寻找与狼山鸡生长性状相关的SNP作为分子标记，以功能SNP作为狼山鸡分子育种和辅助选择的标记，加快良种选育速度和提高种群品质。

本发明是通过以下技术方案来实现：

本发明根据POU1F1基因的外显子设计引物，以狼山鸡的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，对PCR产物混合并纯化，测序后得到在狼山鸡POU1F1基因(GenBank登录号为：NC_006088)的第3109位为G或A的碱基多态性位点的部分序列。

狼山鸡POU1F1基因的单核苷酸多态性位点，其中，所述基因单核苷酸多态性位点包括：

在狼山鸡POU1F1基因的第3109位为G或A的碱基多态性位点。

上述技术方案中所述的狼山鸡POU1F1基因的单核苷酸多态性位点的检测方法，其中，包括以下步骤：

(1)、以包含POU1F1基因的待测狼山鸡全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增狼山鸡POU1F1基因；

所述的引物对P为：

上游引物：5’TTTCTTTTGGTTTTGTTCAG3’