[发明专利]一种树干毕赤酵母基因组规模代谢网络模型构建及分析方法无效
| 申请号： | 201210097733.2 | 申请日： | 2012-04-06 |
| 公开（公告）号： | CN102663924A | 公开（公告）日： | 2012-09-12 |
| 发明（设计）人： | 刘立明;刘婷;徐楠 | 申请（专利权）人： | 江南大学 |
| 主分类号： | G09B19/12 | 分类号： | G09B19/12 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 214122 江苏省无锡市*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 树干 酵母 基因组 规模 代谢 网络 模型 构建 分析 方法 | ||
【权利要求书】：
1.一种以整合基因组注释技术为核心的树干基因组规模代谢网络模型的构建方法，其特征在于：根据公布的目的微生物的测序结果，采用多种基因组注释技术进行全基因注释，同时补充生化数据库和文献组学数据，构建具有基因-蛋白质-反应关联的基因组规模代谢网络模型，后使用基于Matlab平台的COBRA工具箱对所构建的模型进行模拟验证与分析。
2.根据权利要求1所述，其涉及的目的微生物为Scheffersomyces stipitis CBS6054，其构建的最终模型为iTL779。
3.根据权利要求1所述，整合基因组注释技术包括KAAS、IdentiCS和位点特异比对(PSI-BLAST)相结合的基因组序列比对方法。
4.根据权利要求1所述，补充信息来源于KEGG和MetaCyc生化数据库及PubMed文献组学数据。
5.根据权利要求1所述，模型证实运用通量平衡分析方法考察五种碳源对生长的影响，并与文献实验数据进行比较。
6.根据权利要求1所述，模型分析鉴定出维持树干毕赤酵母细胞生长所需的最小基因、反应集合分别为110个基因和158个生化反应。
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