[发明专利]KIR等位基因及KIR-配体的基于分子决定簇的分型

说明书

相关申请的交叉参考

本申请要求2010年10月6日提交的美国临时申请号61/390,473的利益。

发明领域

本发明涉及进行基于分子决定簇的功能性杀伤免疫球蛋白样受体(KIR)等位基因分型和配体分型的测定。具体地本发明提供了用于基于KIR2DL1的位置245、HLA-C的位置77以及HLA-B和HLA-A的位置83上的多态性对具有独特功能性质的KIR2DL1和KIR配体的不同等位基因组群进行分型的单核苷酸多态性(SNP)测定的方法、组合物和试剂盒。所述测定适合用于预测健康、疾病和移植中的NK细胞活性。

发明背景

天然杀伤(NK)和T细胞在针对转化或病毒感染的细胞的免疫力中起着中心和补充作用(Vely等人2001)。NK细胞通过使用控制其激活、增殖和效应子功能的细胞表面受体的集库区分健康与异常细胞(Lanier等人2005)。人NK细胞的标志是I类HLA特异性杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)的表达(Uhrberg等人2005)。

KIR不仅在单个NK细胞的水平上变化性地表达而且它们还是高度多态性和多基因性的，这样，KIR簇的基因含量在个体间是变化的(Uhrberg等人2005)。迄今为止已知存在15个KIR基因(+2个假基因)，11个编码具有两个免疫球蛋白结构域(KIR2D基因)的受体，4个编码具有3个结构域(KIR3D)的受体。KIR家族被进一步分成抑制性KIR和刺激性KIR。抑制性KIR基因的特征在于，特征性的基于免疫受体酪氨酸的抑制性基序(ITIM)的长细胞质尾(在其名称中通过“L”来表示长)。相反地，刺激性KIR具有缺乏ITIM的短细胞质尾(在其名称中通过“S”来表示短)，但在跨膜区中具有带电荷的氨基酸，所述氨基酸为激活分子提供了停泊位点(Uhrberg等人2005)。

许多人类疾病据报道与KIR基因含量的差异相关，包括自身免疫性疾病、炎症性障碍、感染性疾病、免疫缺乏症、癌症和生殖系统障碍(Kulkarni等人2008)。由于缺乏用于KIR等位基因的不同功能组群的高通量分型的快速方法，此类疾病与KIR的等位基因间的功能异质性之间的关系仍不清楚。

在下列参考文献中公开了除其它医学方法外，KIR基因型分型用于移植的用途：Lebedeva等人,”Comprehensive Approach to High-Resolution KIR Typing”Hum Immun.,68(9):789-96(2007)；Gonzalez等人,”Killer Cell Immunoglobulin-Like Receptor Allele Discrimination by High-Resolution Melting”Hum Immun.,70(10):858-63(2009)；Yun等人,”A Novel Method for KIR-Ligand Typing by Pyrosequencing To Predict NK Cell Alloreactivity”Blood(ASH Annual Meeting Abstracts)106:Abstract1407(2005)(也参见Yun等人,”A Novel Method for KIR-Ligand Typing by Pyrosequencing To Predict NK Cell Alloreactivity”Clin Immunol.123(3):272-280(2007).)；Leung等人,”Comparison of Killer Ig-Like Receptor Genotyping and Phenotyping for Selection of Allogeneic Blood Stem Cell Donors”J Immun.174:6540-6545(2005)；Dinauer等人,”Primers,Methods and Kits For Detecting Killer-Cell Immunoglobulin-Like Receptor Alleles”美国专利申请公布号US2008/0280289(也参见国际申请公布号WO2005/046459选择的部分；和KIR Genotyping Product Brochure2004.)；Chen等人,”Natural Killer Immunoglobulin-Like Receptor(KIR)Assay”国际申请公布号WO2009/051672。也参见PCT/US2008/011671；Trachtenberg等人,”Methods and Compositions For KIR Genotyping”美国专利申请公布号US2008/0213787(也参见国际申请公布号WO2007/041067.)；Houtchens等人,”High-Throughput Killer Cell Immunoglobulin-Like Receptor Genotyping By MALDI-TOF Mass Spectrometry With Discovery of Novel Alleles”Immunogenetics.59(7):525-37(2007).；Gómez-Lozano等人,”Genotyping of Human Killer-Cell Immunoglobulin-Like Receptor Genes by Polymerase Chain Reaction with Sequence-Specific Primers:An Update”Tissue Antigens 59(3):184-193(2002)；和Shilling等人,”Allelic Polymorphism Synergizes with Variable Gene Content to Individualized Human KIR Genotype”J Immunol.168:2307-2315(2002)。将所述每一篇参考文献通过引用整体并入本文。