[发明专利]植入前遗传筛查用的比较性基因组杂交阵列方法

权利要求书

1.用于确定测试样品的基因组DNA中拷贝数不均衡情形的存在的方法，所述方法包括:

a)对来自测试样品的样品基因组DNA或其扩增产物进行标记，形成标记的待测DNA；

b)将标记过的待测DNA与第一杂交阵列杂交；

c)对来自参照样品的第一参照基因组DNA或者其扩增产物进行标记，形成标记的第一参照DNA；

d)将标记过的第一参照DNA与第二杂交阵列杂交；

e)对来自第二参照样品的第二参照基因组DNA或其扩增产物进行标记，形成标记的第二参照DNA；

f)将标记过的第二参照DNA与第三杂交阵列杂交；

g)在标记过的待测DNA进行杂交后，分析第一杂交阵列来确定由标记过的待测DNA的杂交所产生的信号强度；

h)在标记过的第一参照DNA进行杂交后，分析第二杂交阵列来确定由标记过的第一参照DNA的杂交所产生的信号强度；

i)在标记过的第二参照DNA进行杂交后，分析第三杂交阵列来确定由标记过的第二参照DNA的杂交所产生的信号强度；和

j)通过将第一杂交阵列的信号强度与第二杂交阵列和第三杂交阵列中的至少一个阵列的信号强度进行比较来评估样品基因组DNA中至少一个区域的拷贝数。

2.权利要求1所述的方法，其中相对标记过的待测DNA，标记过的第一参照DNA在基因组的一或多个预先指定的区域中包含至少一个拷贝数变化。

3.权利要求2所述的方法，其中所述标记过的第二参照DNA与标记过的第一参照DNA一样，包含至少一个预先指定的区域，该区域相对标记过的待测DNA有不同的拷贝数变化。

4.权利要求2所述的方法，其中标记过的待测DNA杂交所产生的信号强度与标记过的第一参照DNA杂交所产生的信号强度在所述一或多个预先指定的区域进行比较；标记过的待测DNA杂交所产生的信号强度与标记过的第二参照DNA杂交所产生的信号强度在所述一或多个预先指定的区域进行比较；该方法还包括在预期拷贝数的基础上确定该方法的动态范围。

5.权利要求1所述的方法，其中所述标记过的第一参照DNA来自第一物种的雄性动物，标记过的第二参照DNA来自第一物种的雌性动物。

6.权利要求1所述的方法，其中所述标记过的第一参照DNA和标记过的第二参照DNA包含来自相同动物物种的雄性和雌性的DNA的混合物。

7.权利要求1所述的方法，其中将标记过的待测DNA杂交所产生的信号强度与标记过的第一参照DNA杂交所产生的信号强度在一或多个预先指定的区域内进行比较，以确定拷贝数的第一评估值；将标记过的待测DNA杂交所产生的信号强度与标记过的第二参照DNA杂交所产生的信号强度在所述一或多个预先指定的区域内进行比较，以确定拷贝数的第二评估值，将所述拷贝数的第一和第二评估值合并以获得拷贝数总体评估值。

8.权利要求1所述的方法，其中在评估拷贝数前对信号强度进行归一化。

9.权利要求1所述的方法，其中来自参照样品的第一参照基因组DNA或其扩增产物包含由第一扩增技术产生的扩增产物；来自参照样品的第二参照基因组DNA或其扩增产物包含由相同的第一扩增技术产生的扩增产物。

10.权利要求1所述的方法，其中来自参照样品的第一参照基因组DNA或其扩增产物包含浓度各异的多个不同参照。

11.权利要求1所述的方法，还包括：

将标记过的第三参照DNA与第四杂交阵列杂交；

将标记过的第四参照DNA与第五杂交阵列杂交;

将标记过的第五参照DNA与第六杂交阵列杂交，

其中对拷贝数进行评估包括将第一杂交阵列的信号强度与由第二、第三、第四、第五和第六杂交阵列中每个阵列的信号强度进行比较。

12.权利要求1所述的方法，还包括在拷贝数评估的基础上确定人的极体或胚胎的非整倍体状态。

13.权利要求12所述的方法，还包括基于在IVF程序中确定的非整倍体状态而植入胚胎。

14.权利要求1所述的方法，还包括从测试样品中分离出基因组DNA以形成样品基因组DNA或其扩增产物。

15.权利要求1所述的方法，其中测试样品包含至少一个来自胚胎或相关活检物的细胞。