[发明专利]用纳米孔的分析物测序

权利要求书

1.对2个或更多用至少第1阻拦构建体和第2阻拦构建体修饰的分析物单元进行测序的方法，其包括：

（a）提供在包含第1导电液体介质和修饰的分析物的顺式侧和包含第2导电液体介质的反式侧之间定位的纳米孔，其中纳米孔包含提供顺式侧和反式侧之间的液体交通的开口；

（b)使修饰的分析物的第1阻拦构建体在进入开口后中止修饰的分析物，由此产生第1离子电流水平，其中第1离子电流水平代表第1单元；

（c）改变修饰的分析物的第1阻拦构建体，所述改变允许修饰的分析物向反式侧前进；

（d)使修饰的分析物的第2阻拦构建体在进入开口后中止修饰的分析物，由此产生代表第2单元的第2离子电流水平；以及

（e）将第1离子电流水平和第2离子电流水平与已知的单元的已知的离子电流水平进行比较，由此对2个或更多分析物单元进行测序。

2.权利要求1的方法，其中修饰的分析物包含修饰的核酸，修饰的肽或修饰的蛋白。

3.权利要求2的方法，其中修饰的分析物包含修饰的核酸。

4.权利要求3的方法，其中修饰的核酸包含修饰的DNA，修饰的RNA，修饰的PNA或其组合。

5.权利要求1的方法，其中修饰的分析物包含使分析物与阻拦构建体接合的接头。

6.权利要求5的方法，其中修饰的分析物还被定义为包含使核酸与阻拦构建体接合的接头的修饰的核酸。

7.权利要求1的方法，其中修饰的分析物包含具有1MDa或更小分子量的无机部分。

8.权利要求1的方法，其中修饰的分析物包含具有1MDa或更小分子量的有机部分。

9.权利要求1的方法，其中至少一个阻拦构建体是插入物阻拦构建体。

10.权利要求9的方法，其中插入物阻拦构建体是双链核酸。

11.权利要求1的方法，其中至少一个阻拦构建体是悬吊物阻拦构建体。

12.权利要求1的方法，其中各阻拦构建体相同。

13.权利要求1的方法，其中2个或更多阻拦构建体不同。

14.权利要求1的方法，其中修饰的分析物包含转位起始尾。

15.权利要求1的方法，其中修饰的分析物是用至少2个各还被定义为双链DNA的插入物阻拦构建体修饰的ssDNA，且其中各单元是单核苷酸或重复核苷酸。

16.权利要求1的方法，其中

第1阻拦构建体中止修饰的分析物以允许离子电流水平测定单元的同一性，和

任选地与第1阻拦构建体连续的第2阻拦构建体中止修饰的分析物以产生不同于任何单元-特异性离子电流水平及定义为分隔物水平的离子电流水平。

17.权利要求16的方法，其中分隔物水平区别分析物的连续单元。

18.权利要求17的方法，其中分隔物水平区别分析物的连续及重复的单元。

19.权利要求16的方法，其中周期性地设计分隔物水平以产生不同离子电流水平以提供检查和。

20.权利要求16的方法，其中至少2个分隔物水平用于提供二进制码以代表分析物单元。

21.权利要求20的方法，其中至少一个分隔物水平提供校验位。

22.权利要求1的方法，其中当对一个或更多修饰的分析物测序多次时测序保真度改善，以产生允许平均及共有读数的多个电流图案。

23.权利要求1的方法，其中电场的施加导致修饰的分析物进入开口。

24.权利要求1的方法，其中物理压力导致修饰的分析物进入开口。

25.权利要求1的方法，其中磁珠附接于反式侧上的修饰的分析物，及改变由导致修饰的分析物移动通过开口的磁力所导致。

26.权利要求1的方法，其中改变由电压脉冲，电压渐变，光脉冲，或机械力脉冲所导致。

27.权利要求1的方法，其中改变还被定义为阻拦构建体的解离。