[发明专利]胃癌标志物与胃癌检测方法

说明书

发明领域

公开的主体通常涉及胃癌标志物和胃癌检测方法。

发明背景

注意到了以下现有技术的出版物：

Busslinger，M.，Klix，N.，Pfeffer，P.，Graninger，P.G.，& Kozmik，Z.(1996).Deregulation of PAX-5 by translocation of the Emu enhancer of the IgH locus adjacent to two alternative PAX-5 promoters in a diffuse large-cell lymphoma(在弥散大细胞淋巴瘤中通过两个可选PAX-5启动子相邻的IgH基因组的Emu增强子的转位而下调PAX-5).Proc Natl Acad Sci U S A，93(12)，6129-6134.

Livak，K.J.，& Schmittgen，T.D.(2001).Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T))(利用实时定量PCR和2(-ΔΔC(T))分析相关基因表达数据)Method.Methods，25(4)，402-408.

Takai，D.，& Jones，P.A.(2002).Comprehensive analysis of CpG islands in human chromosomes 21 and 22(人类染色体21和22中CpG岛的综合分析).Proc Natl Acad Sci U S A，99(6)，3740-3745.

Takai，D.，& Jones，P.A.(2003).The CpG island searcher：a new WWW resource(CpG岛搜索工具：新的网络资源).In Silico Biol，3(3)，235-240.

Tao，Q.，Huang，H.，Geiman，T.M.，Lim，C.Y.，Fu，L.，Qiu，G H.，et al.(2002).Defective de novo methylation of viral and cellular DNA sequences in ICF syndrome cells(ICF综合症细胞中病毒和细胞DNA序列的重新甲基化缺陷).Hum Mol Genet，11(18)，2091-2102.

US2004248171Palmisano and Belinsky，于2004年3月25号提交，其中公开了利用PAX5作为肺癌、结肠癌和乳腺癌的标志物。

US2010028875 Rhytu et al，于2006年8月19日作为PCT申请提交，其中公开了通过测定甲基化水平来诊断癌症和确定预后的方法。

发明概述

在一个实施方案中，公开了诊断或确定来自患者的生物样品中胃癌的预后的方法，所述方法包括以下步骤：检测所述样品中与由SEQ.ID.NO.24组成的区域至少95％相似的连续序列中的至少15个连续碱基对的靶DNA序列的甲基化；并且其中显著的甲基化水平指示胃癌的不良预启。

在一个实施方案中，所述靶序列的长度可以为至少50个碱基对并含有多个CpG碱基对。

在一个实施方案中，所述方法还可以包括将患者样品中靶序列的甲基化水平与非癌细胞的甲基化水平进行比较。

在一个实施方案中，所述确定可以包括用能差异性地修饰甲基化的DNA和非甲基化的DNA的试剂处理样品。

在一个实施方案中，所述区域可以由SEQ.ID.NO.11组成。

在一个实施方案中，所述确定可以包括用硫酸氢钠处理样品。

在一个实施方案中，可以通过COBRA、BGS或MSP进行所述确定。

在一个实施方案中，所述样品是血液样品。

在一个实施方案中，所述样品是粪便样品。

在一个实施方案中，所述确定包括以下步骤：使用根据SEQ.ID.NO.24中的含CpG的基因组序列所选择的引物来扩增用限制性酶处理的DNA；和将未知样品中基因组序列的扩增部分的水平与非癌样品的甲基化水平进行比较，从而检测胃癌的存在。

在一个实施方案中，所述试剂包括优先切割非甲基化的DNA的酶。

在一个实施方案中，所述扩增使用聚合酶链反应。