[发明专利]一种FGFR3基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种FGFR3基因突变检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

成纤维细胞生长因子(fibroblast growth factors，FGFs)是一组结构相似的多肽类家族，并通过跨膜高亲和力的成纤维细胞生长因子受体(fibroblast growth factor receptors，FGFRs)发挥作用。成纤维细胞生长因子受体3(Fibroblast growth factor receptors 3，FGFR3)是一种酪氨酸激酶受体，它在细胞有丝分裂的发生、促进血管新生、伤口愈合及肿瘤形成中起重要作用。FGFR3属于跨膜蛋白质，当受体细胞外段与配体FGFs结合后，受体形成同源或异源二聚体，使细胞内段的酪氨酸激酶活化，在细胞内引起一系列级联反应，最终导致DNA合成和细胞分裂。FGFR3可以同时启动Ras-MAPK介导的丝裂原信号转导途径和对细胞生长起抑制作用的STAT信号转导途径，在正常发育时，细胞在两条信号系统的作用下生长和分化，FGFR3突变时，受体的功能异常活化，从而破坏了组织的正常生长和发育。有研究表明，FGFR3基因突变与肿瘤的形成有关。

目前，对FGFR3基因突变进行检测和分析的方法很少，主要有直接测序法和PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突变造成的限制性内切酶识别位点的改变，如位点丢失或产生新位点，通过PCR扩增某一特定片段，再用限制性内切酶酶切扩增产物，电泳观察片段的大小，这种方法用于检测酶切位点改变的基因突变，可直接判断基因型，但该法不能用于没有产生新酶切位点的基因突变检测。再次，以上这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供FGFR3基因突变检测液相芯片，该液相芯片可用于单独或并行检测FGFR3基因12种常见基因型R248C、G370C、S371C、Y373C、G380R、A391E、D641N、K650Q/E/T/M、G697C的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种FGFR3基因突变检测液相芯片，包括有：

(A).针对FGFR3基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物：每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为：针对R248C位点的SEQ ID NO.22及SEQ ID NO.23；针对G370C位点的SEQ ID NO.24及SEQ ID NO.25；针对S371C位点的SEQ ID NO.26及SEQ ID NO.27；针对Y373C位点的SEQID NO.28及SEQ ID NO.29；针对G380R位点的SEQ ID NO.30及SEQ ID NO.31；针对A391E位点的SEQ ID NO.32及SEQ ID NO.33；针对D641N位点的SEQ ID NO.34及SEQ ID NO.35；针对K650Q/E/T/M位点的SEQ ID NO.36以及选自SEQ ID NO.37、SEQ ID NO.38、SEQ IDNO.39、SEQ ID NO.40中的一种以上；和/或针对G697C位点的SEQ ID NO.41及SEQ ID NO.42，所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.21；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.43～SEQ ID NO.63，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；

(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。

优选地，所述扩增引物为：针对R248C位点的SEQ ID NO.64及SEQ ID NO.65；针对G370C、S371C、Y373C、G380R、A391E位点的SEQ ID NO.66及SEQ ID NO.67；针对D641N、K650Q/E/T/M位点的SEQ ID NO.68及SEQ ID NO.69；和/或针对G697C位点的SEQ ID NO.70及SEQ ID NO.71。