[发明专利]检测空肠弯曲菌的引物、探针及方法和试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，特别是涉及用于检测空肠弯曲菌的荧光定量PCR引物和探针，本发明还涉及利用该引物和探针进行空肠弯曲菌检测的方法和试剂盒。

背景技术

空肠弯曲菌(Campylobacterjejuni)是弯曲菌属中主要导致人类疾病的食源性病原菌，是导致人类腹泻的主要病原之一。空肠弯曲菌分布广泛，人类感染主要是由于空肠弯曲菌污染食品、饮用水以及环境引起的，除肠炎外，空肠弯曲菌的感染可导致格林-巴利综合症，给人类带来严重的疾病负担。国内外对空肠弯曲菌的监测都非常关注。

细菌的分离培养及生化鉴定是目前常用的检测空肠弯曲菌感染的方法。由于空肠弯曲菌属于微需氧细菌，生长需要特定的气体环境，体外培养对培养基的营养条件要求较高，培养条件要求苛刻，且成本较高，常规的生化鉴定空肠弯曲菌比较繁琐，须具备较好的技术与经验，加上由于区分菌株的生化鉴定结果的一致性不好，可能会造成分离菌株的错误鉴定，造成目前对腹泻患者以及食品污染检测过程中的空肠弯曲菌检测灵敏度低，检出率不高，检出时间慢的缺点。

近年来随着分子生物学的发展，国内外已先后开展了一些针对空肠弯曲菌的基因检测研究，通过对样品中病原的特异核苷酸(DNA)序列的检测可以确定特异病原的感染，针对的靶基因主要包括16SrDNA、23SrDNA等。荧光定量PCR的方法通过检测标本中空肠弯曲菌特异的DNA序列，能大大提高了检测的灵敏度和特异度，同时根据特异DNA序列片段的拷贝数能够确定样品中空肠弯曲菌污染的量，确诊空肠弯曲菌的感染以及确定样品中的污染数量。

发明内容

本发明的目的在于提供用于检测空肠弯曲菌的特异性引物和探针；

本发明的另一个目的在于提供检测空肠弯曲菌的荧光定量PCR方法及其试剂盒。

为实现上述目的，本发明首先对NCBI已公布的所有空肠弯曲菌，用BLASTn与Vector NTI Suite 6.0软件对所有测序菌种特异基因的DNA序列进行比对，筛选出空肠弯曲菌基因的特异序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

进一步，本发明提供用于特异性扩征上述特异序列的引物，以及与所述引物配合使用的荧光探针。其中探针的5’标记荧光基团FAM，3’标记淬灭基团BHQ。

在本发明的一个实施方式中，优选的引物序列为：

上游引物：CGGATAGTTATAGTATTGAAGTTATTGG，

下游引物：GAAGCAGCATAAATAGGATCTTTTG。

探针序列为：

FAM-TTCTGGAGCACTTCCATGACCACC-BHQ1。

本发明提供一种空肠弯曲菌的实时荧光定量PCR检测方法，包括以样品总DNA为模板，利用本发明提供的引物和探针进行实时荧光定量PCR，同时设立无模板对照和阳性对照，根据扩增曲线判定结果。

本发明的实时荧光定量PCR扩增反应体系，当为25μl反应体系时，其优选配置为：

本发明的实时荧光定量PCR的反应程序为：95℃预变性4min，1个循环；95℃变性10s，55～65℃退火30s，40个循环。

本发明优选的实时荧光定量PCR的反应程序为：95℃预变性4min，1个循环；95℃变性10s，59℃退火30s，40个循环。

本发明每次检测标本时须设立阴性对照和阳性对照，在检测中两种对照为有效扩增时，样本结果判断标准如下：

Ct值＜35.0时样品结果为阳性；

Ct值≥40.0的样品结果为阴性；

Ct值在35.0～40.0之间时，样品需要重复，重复试验如Ct值依然低于40判定为阳性扩增，超过40判定为阴性扩增。

本发明提供了一种用于空肠弯曲菌检测的试剂盒，其包括上述能特异地扩增出如SEQ ID NO.1所示核苷酸序列或其特异性片段的特异性引物以及配合引物使用的Taqman探针。

本发明试剂盒的引物序列为：

上游引物：CGGATAGTTATAGTATTGAAGTTATTGG，

下游引物：GAAGCAGCATAAATAGGATCTTTTG。

探针序列为，FAM-TTCTGGAGCACTTCCATGACCACC-BHQ1。

本发明提供的试剂盒，还可进一步包括DNA裂解液，荧光定量反应液，阴性模板和阳性模板，所述阴性模板为双蒸水，所述阳性模板为空肠弯曲菌基因组DNA。