[发明专利]未甲基化核酸的选择性积累

权利要求书

1.用于选择性扩增DNA的未甲基化序列的方法，所述方法包含下列步骤：

（i）提供包含在至少一个位点处被甲基化的DNA的样品，

（ii）用甲基化依赖性核酸酶处理样品中的DNA，以及

（iii）使用甲基化依赖性核酸酶对切开的DNA进行随机引发的序列扩增。

2.权利要求1的方法，其中所述扩增等温下进行。

3.权利要求2的方法，其中所述扩增利用链置换扩增来进行。

4.权利要求2的方法，其中所述扩增利用随机引发PCR来进行。

5.权利要求1至4任一项的方法，其包含附加的步骤：

（iv）检测所扩增DNA的至少一个序列区段。

6.权利要求5的方法，其中所述检测包含对所扩增DNA的至少一个序列区段进行定量。

7.权利要求6的方法，其中所扩增DNA的一个或多个序列区段的检测利用杂交介导的方法来进行。

8.权利要求7的方法，其中所扩增DNA的一个或多个序列区段的检测利用定量实时PCR来进行。

9.权利要求7的方法，其中所扩增DNA的一个或多个序列区段的检测利用基于微阵列的方法来进行。

10.权利要求6的方法，其中所扩增DNA的一个或多个序列区段的检测利用测序方法来进行。

11.权利要求4至10任一项的方法，其中将用甲基化依赖性核酸酶处理的样品中DNA的一个或多个序列区段的量，与未用甲基化依赖性核酸酶处理的对照样品中DNA的所述序列区段的量进行比较。

12.前述权利要求任一项的方法，其中甲基化依赖性核酸酶选自McrBC、McrA、DpnI、BisI、BlsI、GlaI、GluI、MalI和PcsI。

13.前述权利要求任一项的方法，其中步骤（ii）和（iii）同时进行。

14.前述权利要求任一项的方法，其中DNA是基因组DNA。

15.试剂盒，其用于选择性积累基因组DNA的未甲基化序列区段，所述试剂盒包含：

-DNA聚合酶，

-甲基化依赖性核酸酶，

-任选：用于扩增反应的缓冲液（例如含有缓冲物质、dNTP和/或引物），以及

-任选：用于通过甲基化依赖性核酸酶对甲基化序列区段进行内切核酸水解切割的缓冲液。

16.试剂盒，其用于确定基因组DNA的整体甲基化模式，所述试剂盒包含：

-DNA聚合酶，

-甲基化依赖性核酸酶，

-任选：用于扩增反应的缓冲液（例如含有缓冲物质、dNTP和/或引物），以及

-任选：用于通过甲基化依赖性核酸酶对甲基化序列区段进行内切核酸水解切割的缓冲液。

17.权利要求1至14任一项的方法或权利要求15的试剂盒在选择性制备（选择性积累）基因组DNA的未甲基化序列区段中的应用。

18.权利要求1至14任一项的方法或权利要求16的试剂盒在分析基因组DNA中的整体甲基化模式中的应用。