[发明专利]用于辅助诊断和/或监测乳腺癌进展的方法和组合物

说明书

技术领域

本发明涉及基于对给定样品进行差异性DNA甲基化模式分析而辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的方法。更具体地，所述方法涉及鉴定使用多种统计学方法产生的一或多种表观遗传学标记物(epigenetic markers)，以便指出一或多个基因组基因座处的甲基化状态差异的预后意义，并预测所分析的样品在治疗后具有好的预后还是差的预后。

背景技术

DNA甲基化见于包括原核生物和真核生物在内的各种生物体的基因组。在原核生物中，DNA甲基化发生于胞嘧啶和腺嘌呤碱基，并包括一部分宿主限制系统(host restriction system)。但在多细胞真核生物中，甲基化似乎限于胞嘧啶碱基，并与抑制型染色质状态和基因表达抑制相关联(综述参见例如Wilson，G.G.and Murray，N.E.(1991)Annu.Rev.Genet.25，585-627)。

在哺乳动物细胞中，DNA甲基化主要出现于CpG二核苷酸，CpG二核苷酸在基因组中的分布不均衡且代表性不足。通常非甲基化的CpG簇(也称为CpG岛)见于许多启动子区域(综述参见例如Li，E.(2002)Nat.Rev.Genet.3，662-673)。已经在一些人类癌症例如结直肠癌和前列腺癌中证明有导致异常基因沉默的DNA甲基化的改变(综述参见例如Robertson，K.D.and Wolffe，A.P.(2000)Nat.Rev.Genet.1，11-19)。曾证明启动子的超甲基化是导致肿瘤抑制基因失活的常见机制。另一方面，启动子低甲基化通常与DNA断裂和基因组不稳定有关，且因此与某些癌症的严重程度有关(Bird，A.P.(2002)Genes Dev.16，6-21)。

已有多种方法用于实验性确定各个基因的差异性甲基化(综述参见例如Rein，T.et al.(1998)Nucleic Acids Res.26，2255-2264)。这些技术包括例如亚硫酸氢盐测序、甲基化特异性PCR(MSP)、Methylight和焦磷酸测序。

乳腺癌在全球累及120万人，是女性中最重要的致死原因之一，在美国和西欧每年有大约400,000个新诊断的病例。因此，乳腺癌诊断剂仍然具有广阔的市场。

已经发现一些靶基因的差异性甲基化模式与乳腺癌的转归相关联(参见例如Zrihan-Licht，S.et al.(1995)Int.J.Cancer 62，245-251；Mancini，D.N.et al.(1998)Oncogene 16，1161-1169)。

不过，临床上存在多种不同类型的乳腺癌，其中一些在分子水平根本没有被很好地表征。此外，已有的用于分析乳腺癌的诊断法也有不足，它们通常都是基于对单一分子标记物的分析，这可能影响检测的可靠性和/或准确性。此外，单一标记物不能提供有关潜伏分期、肿瘤进展等等的详细预测。

因此，仍然需要鉴定能够克服上述局限性的用于辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的替代性分子标记物和测定方法。从临床角度看，最有用的生物学标记物是能够在诊断确立时预测出对任何治疗方案的反应的预测性标记物。能够鉴定乳腺癌患者在手术后的复发风险的预后标记物也是有用的，如果它们能够鉴定出哪些患者具有较低的复发风险且因此可免于进行高毒性化疗，将更加有用。

发明内容

本发明的目的在于提供基于差异性DNA甲基化模式分析而辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的新方法。

更具体地，本发明的目的在于提供使用多种统计学方法产生的表观遗传学标记物组，以便指出所分析的一或多个基因组基因座处的甲基化状态差异的意义，并由此使得能够预测给定样品在治疗后具有好的预后还是差的预后。

此外，本发明的目的在于提供诊断方法，其使得能够不依赖于除甲基化状态以外的其他病理学参数而可靠准确地判断乳腺癌的预后。

随后的描述将使得这些以及其他的目的变得显而易见，并且这些以及其他的目的是通过本申请的独立权利要求的主题实现的。本发明的一些优选实施方式由从属权利要求的主题定义。

在一个方面，本发明涉及辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的方法，包括：

(a)确定待分析的给定样品中所含DNA的一或多个基因组基因座的甲基化状态；

(b)鉴定DNA甲基化状态表现出差异的一或多个基因组基因座；