[发明专利]用于辅助诊断和/或监测乳腺癌进展的方法和组合物

权利要求书

1.辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的方法，包括：

(a)确定待分析的给定样品中所含DNA的一或多个基因组基因座的甲基化状态；

(b)鉴定DNA甲基化状态表现出差异的一或多个基因组基因座；

(c)针对步骤(b)获得的一或多个差异性甲基化的基因组基因座中的每一个进行统计学存活分析；

(d)确定步骤(c)获得的数据的统计学显著性；和

(e)基于步骤(d)获得的数据选定DNA甲基化状态表现出统计学显著性差异的一或多个基因组基因座，其中所选定的一或多个基因组基因座对辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展具有预后价值。

2.权利要求1的方法，其中所述乳腺癌是雌激素受体阳性乳腺癌。

3.权利要求1或2的方法，用于在患者中辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展，进一步包括：

提供来自所述患者的待分析基因组DNA样品，

其中所述方法在体外进行。

4.权利要求1至3中任一项的方法，进一步包括：

在进行步骤(c)之前，依据其甲基化状态，将所述一或多个基因组基因座分类为非甲基化、部分甲基化和甲基化。

5.权利要求1至4中任一项的方法，其中步骤(c)进行的所述统计学存活分析包括针对所述一或多个基因组基因座中的每一个的相应的甲基化状态产生卡普兰-迈耶存活估计值，并计算针对每一所述基因座产生的卡普兰-迈耶存活估计值之间的差异。

6.权利要求1至5中任一项的方法，其中确定从存活分析中所获得的数据的统计学显著性包括实施时序检验或曼特尔-亨塞尔检验。

7.权利要求6的方法，其中确定统计学显著性还包括置换检验方法。

8.权利要求1至7中任一项的方法，进一步包括：

确定所选定的一或多个基因组基因座的预后价值是否依赖于除甲基化状态以外的其他病理学参数。

9.权利要求1至8中任一项的方法，其中使用计算装置进行所述方法。

10.用于在患者中辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的遗传学标记物组，其中所述组包括表1所列的任何一或多种遗传学标记物、或优选地表1所列的全部遗传学标记物。

11.用于在患者中辅助诊断雌激素受体阳性乳腺癌和/或监测雌激素受体阳性乳腺癌进展的遗传学标记物组，其中所述组包括表2所列的任何一或多种遗传学标记物、或优选地表2所列的全部遗传学标记物。

12.权利要求10或11的遗传学标记物组，其中所述组是通过权利要求1至9中任一项的方法确定的。

13.权利要求10至12中任一项的遗传学标记物组用于在患者中辅助诊断乳腺癌和/或监测乳腺癌进展的用途。

14.权利要求13的用途，其中监测乳腺癌进展包括将乳腺癌患者归类为预后良好组或预后不良组。

15.权利要求13或14的用途，其中监测乳腺癌进展包括预测诊断后第5年的无复发存活。