[发明专利]在处的单核苷酸多态性和癌症风险

说明书

相关申请

本申请涉及2009年6月递交的临时申请USSN 61/220,342，该申请的全部内容通过引证在此全部并入本文。

政府支持

政府支持了本发明的进行，许可号为CA124484和CA131301-01A1，这两者都是由美国国家卫生研究所授权的。政府具有本发明的某些权利。

技术领域

本发明主要涉及癌症和分子生物学领域。本发明提供了用于预测增加的发展成癌症的风险的组合物和方法。

背景技术

尽管在癌症检测方面已经实现了很多进步，但是仍然存在一种需要来识别各种各样的癌症的新的遗传标记，从而可以方便的用于临床应用。迄今为止，对于预计发展成癌症的风险的方法只有很少的选择。

发明内容

本发明的方法不仅提供了能够有效识别乳腺和卵巢癌症基因中多态性的方法，并且提供了评价这些单核苷酸多态性(SNPs)对靶向基因调节和乳腺及卵巢癌症患病风险的效果的方法，其中，所述乳腺和卵巢癌症基因有效的改善miRNAs结合靶分子能力这些方法可以用来识别具有增加的乳腺癌症及卵巢癌症患病风险的病人，这些病人在之前是不能被识别出来的。更为恰当的是，使用本发明的方法识别或者表征的单核苷酸多态性(SNPs)发生在围绕并且包括BRCA1基因的区域内，或者发生在围绕并且包括BRCA1基因的信使核糖核酸(mRNA)转录产物的区域内。

本发明提供了一种方法，这种方法用于在与乳腺癌症和卵巢癌症有关的基因的3′-未翻译的区域(UTR)中识别单核苷酸多态性(SNPs)的方法，所述与乳腺癌症和卵巢癌症有关的基因能够有效的修饰微RNAs(miRNAs)的结合能力。在一种优选的实施方案中，与乳腺癌症和卵巢癌症有关的基因是BRCA1，包括BRCA1基因本身、在该基因组附近的区域、BRCA1调节的元素和/或其信使核糖核酸(mRNA)转录产物。一些本领域内已知的数据库可以用来对所关心的单核苷酸多态性(SNPs)进行计算机识别，这些数据库包括，但是不局限于，HapMap(The International HapMap Project，Nature，2003.426，789-96(发表在“自然”第426期第789-796页的“国际人类基因组单体型图计划”))、dbSNP(Sherry，S.T.et al.Genome Res 1999.9，677-9)和人类工程数据库(Ensembl Project database)(可以从以下网址获得http://www.ensembl.org)，以及一些专业算法，例如，PicTar(Landi，D.et al.DNA Cell Biol(DNA细胞生物学)(2007))、TargetScan(Lewis，B.P.et al.Cell 2005.120，15-20)、miRanda(John，B.et al.PLoS Biol 2004.2，e363)、miRNA.org(Betel，D.et al.Nucleic Acids Res(核酸研究)2008.36，D 149-53)，和Microlnspector(Rusinov，V.et al.Nucleic Acids Res 2005.33，W696-700)，从而识别miRNA结合位点。

本发明还提供了一种识别乳腺和卵巢肿瘤、邻近的正常组织(当可以得到的时候)以及正常组织样品的方法，从而评价miRNA互补位点上的序列变化。在本发明方法的一种优选的实施方案中，BRCA1基因或者其mRNA转录产物包含所述miRNA互补位点。在本发明的某些实施方案中，使用邻近的正常组织来证明这些变化是否是种系单核苷酸多态性(SNPs)。做为选择，或者另外，非种系3′未翻译的区域(3′UTR)突变也被进行临床有效性分析。