[发明专利]以Alu间聚合酶链式反应为基础的检测基因区特征的方法

权利要求书

1.以Alu间聚合酶链式反应为基础的检测基因区特征的方法，包括以下步骤：

(1)以Alu家族共同序列为主要寡核苷酸引物，利用单一或多寡核苷酸引物作为引物对样本DNA进行inter-Alu PCR扩增；

(2)采用循环阵列合成测序法为基础的高通量测序仪器进行测序；

(3)对测序结果进行基因组中基因区单核苷酸多态性(SNP)、点突变，插入/缺失及双脱氧核苷酸分子(DNA)甲基化CpG位点的检测。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征是：所述被扩增的样本DNA为多个两Alu序列间的DNA片段。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征是：所述步骤(1)的样本DNA是利用苯酚/氯仿法提取组织或外周血分离的白细胞中的DNA，提取后的DNA使用琼脂糖凝胶电泳，通过溴乙锭染色，在紫外灯下观察DNA提取质量。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征是：以AluY共同序列中的片段设计的寡核苷酸引物，其序列为5’-GAGCGAGACTCCGTCTCA-3’，5’-TGGTCTCGATCTCCTGACCTC-3或5’-TGGTCTCGATCTCCTGACCTC-3’。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征是：以AluY共同序列寡核苷酸引物及Alu共同序列引物R12A/267的混合物作为引物，以扩增更多基因区序列。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征是：所述inter-Alu PCR使用热稳定DNA聚合酶。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征是：在进行DNA CpG位点甲基化水平的检测时，DNA需要亚硫酸氢盐的处理。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征是：inter-Alu PCR以AluY共同序列中靠近中间区域的两段不含CpG位点的序列作为引物，引物CH11朝向“5’”方向扩增，长度为11bp，序列为“5’TTTAATAAAAA 3’”；CT11朝向“3’”方向扩增，长度为11bp，序列为“5’AACATCAAAAT 3’”。

9.根据权利要求7所述的方法，其特征是：在进行DNA CpG位点甲基化水平的检测时，新一代测序技术检测对比经亚硫酸氢盐处理后的肿瘤及非肿瘤基因组DNA甲基化水平差异，主要检测区域为富含CpG位点的基因组Alu区域及Alu旁区域。

10.根据权利7所述的方法，其特征是：以AluY或Alu共同序列中任意位置的不含CpG位点的序列经过“C”转换为“T”后，作为寡核苷酸引物。