[发明专利]一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白基因STR位点及其分型方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种核酸检测方法，特别涉及3个新的人类抗肌萎缩蛋白 (DMD)基因STR基因位点及其分型方法。

背景技术

短串联重复序列(short tandem repeats，简称STR)是由2-7个碱基对 作为核心单位，串联重复形成的一类微卫星DNA序列，其片段可采用PCR技术 扩增。STR主要由于核心重复单位数目的变化形成了STR基因位点的遗传多态 性，其等位基因可用银染、荧光标记和放射自显影等技术分型。人类基因组 中，平均每6-10kb就存在有一个STR基因位点，为法医个人识别和亲子鉴定 提供了高信息基因位点的丰富来源。

STR在研究与应用中具有以下显著的优点：良好的重复性，分型结果稳 定可靠，操作简单快速；片段长度一般在100～400bp，容易通过PCR扩增、 电泳分型，适用于各种检材及高度降解检材的检测；三核苷酸、四核苷酸重 复的STR位点PCR扩增结果稳定，产生的附加带、影子带少，容易分型；是 绘制人类遗传图、疾病基因连锁分析、遗传病诊断、个体识别等分析工作的 重要工具。STR的分型，目前最常用的是应用PCR扩增STR，将扩增产 物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据片段的大小决定基因型并计算等位基因频 率及遗传距离并构建系统发生树。对于PCR产物的检测可用自显影技术， PAGE结合银染，以及荧光标记序列仪自动分析系统。

肌营养不良症(duchenne muscular dystrophy，DMD)是一种以骨骼肌 进行性变性、坏死为主要临床特征的致死性的X连锁隐性遗传病，其发病机 制主要为抗肌萎缩蛋白基因(dystrophin gene)的突变导致肌细胞膜上的 骨架蛋白抗肌萎缩蛋白(dystrophin)发生结构和功能的改变。目前尚无治 疗方法和分子诊断手段，因此对于该病的分子遗传学诊断具有重要的意义。

目前的研究中，连锁分析是遗传流行病学研究中常用的基因定位方法， 通过分析已知的遗传标记和疾病易感基因的连锁关系，将易感基因在染色体 上定位。目前国际上已经发现了DMD基因内的一些STR位点，但在生物 医学研究及法医学应用实践中存在以下问题：

1)NCBI 36.2版图中DMD基因内仅有14个微卫星标记，分别位于基 因5’启动子区城，以及44、45、49、50号内含子和3’非翻译区，这些位点 是进行家系连锁分析的理想位点。但连锁分析方法是一种概率性诊断，这一 基因区域内STR位点密度太低，会导致因基因重组而错误的分析结果。

2)对于新的STR位点，国际上并没有标准的分型试剂盒和等位基因克 隆文库。

3)国际上对于已知STR位点与杜氏肌营养不良症的关联研究并没有得 到一致结果，即未找到与杜氏肌营养不良症稳定关联的遗传位点。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白 (DMD)基因STR基因位点，即寻找更多的能应用于杜氏肌营养不良的分子诊 断和法医个体识别等领域的人类抗肌萎缩蛋白(DMD)基因STR位点，并进行 群体遗传学研究。

本发明的另一个目的是提供一种该新的3个人类抗肌萎缩蛋白DMD基因 STR基因位点的分型方法。

本发明实现其目的所采用的技术方案是，提供一种新的3个人类抗肌萎 缩蛋白(DMD)基因STR基因位点，其特征在于，首先从NCBI选出DMD基 因15个候选新的STR序列，采用基因分型，DNA序列测定，研究DMD基因 STR的遗传结构在健康群体中的等位基因频率分布，从而筛选出3个新的在 我国汉族群体中具有高度多态性的位点。本发明所研究的3个STR位点，它 们分别为DXSDMD-in60，DXSDMD-in30，DXSDMD-in2；其扩增片段分别为： 138-162bp、152-168bp、110-150bp。该基因位点的所有位点片段大小适中， 均适宜PCR扩增。

该3个STR多态性位点的序列信息见表1。

表13个STR多态性位点的序列信息

本发明并建立了它们的DNA分型方法，该3个DMD基因STR等位基因 的分型方法，包括下列步骤：

1)选择STR遗传标记