[发明专利]一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白基因STR位点及其分型方法

权利要求书

1.一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白(DMD)基因STR等位基因分型方法， 其特征在于，该方法包括以下步骤：

1)选择STR遗传标记：

调取NCBI数据库DMD基因序列进行DMD基因STR位点全基因扫描， 按照入选标准挑选短串联重复序列；并比较软件RepeatMask的搜索结果， 证实标准筛选出的STR位点序列未位于Alu家族或其它的重复序列内；

2)该DMD基因3个STR位点的引物序列为：

DMD-in60

上游引物：CGAGGGGATCAGGGTAATA；下游引物：CTGTTCTCTTCTCTGGTCATCA；

DMD-in30

上游引物：GTTAGTCCCTATTCTATTCCTTTC；下游引物：AAGAATGCCACCAAAATGAC；

DMD-in2

上游引物TAGATTAGATAGGTAGGTAGGTAGG；下游引物：CTTGCCAGTTTTTTTCAGTG；

3)采用12ul反应体系PCR扩增：

对15个候选STR位点采用Primer5.0自行设计引物，PCR扩增采用12 μl反应体系，含50～200ng基因组DNA，2×PCR缓冲液，15mmol/L MgCL₂， 5umol/L引物，0.5U Tag酶；其扩增参数为：

DMD-in60位点95°℃变性30s，58.4℃退火40s，72℃延伸35s，循环32次；

DMD-in30位点95°℃变性35s，56.6℃退火30s，72℃延伸30s，循环32次；

DMD-in2位点95°℃变性30s，62℃退火30s，72℃延伸30s，循环32次；

4)扩增产物使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，采用银染显色方法， 然后用DNA直接测序法证实其序列及多态性；最终结合等位基因分型标准物 进行标准化分型并建立等位基因克隆产物文库。

2.如权利要求1所述的一种新的3个人类DMD基因STR等位基因分 型方法，其特征在于，所述挑选短串重复序列入选标准为：

a)核心序列为3～4bp；

b)核心序列中含有三种不同的核甘酸；

c)核心序列为规则重复；

d)每个片段仅有单一重复单位，即motif；

e)核心序列重复次数等于或大于5次；

f)该位点未曾报道。