[发明专利]一种肝癌风险基因测评方法及套组

说明书

技术领域

本发明涉及一种肝癌风险基因测评方法及套组，更具体地说是测定人各肝癌易感基因中的多态性位点基因型，预测受试者患肝癌的风险几率，该方法可用于疾病的预测、辅助诊断、治疗和新药研发，属于医学生物技术和基因诊断领域。

背景技术

肝癌是常见的恶性肿瘤之一，常见于45岁以上的中老年人群。肝癌的发生与肝炎(尤其是乙肝)、肝硬化等疾病息息相关。全世界人群中肝癌的发病率为6.6/10万，其中男性的发病率为10.2/10万，女性为3.6/10万。在我国，肝癌的发病率和死亡率虽低于肺癌、乳腺癌、胃癌等肿瘤，但在在过去20年间显著上升，目前年死亡率高达约20/10万，约占全世界肝癌死亡率的一半。

目前，疾病的遗传易感性检测是国内外科学研究的热点。而在遗传因素易感性的研究中，采用单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)作为基因组标志的关联分析方法较为有效和常用。SNP是指基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的发生频率大于1％。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。同微卫星多态性比较而言，SNP遗传稳定性强，易于检测。检测时能通过简单的“+/-”进行基因分型，是理想的遗传标志。

位于基因内部的SNP能直接影响到蛋白质的结构或表达水平，进而影响到组织、器官乃至生理活动。在肝癌人群和正常对照人群中进行SNP对比分析，可以确定SNP为点和(或)邻近变异与肿瘤发病风险的关系，因而可应用于肝癌遗传易感性的研究。本发明涉及到的肝癌易感基因和位点包括：

表1肝癌易感基因和位点

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种肝癌风险基因测评方法及套组，通过对肝癌易感基因中的关键性基因遗传位点进行检测，判断具体基因型，能有效地为肝癌的预防、预测、诊断以及个体化治疗提供依据和指导，从而对加强肝癌防治起到积极作用。

为解决上述技术问题，本发明的肝癌风险基因测评方法及套组，包括步骤：

(1)提取受检者样本DNA；

(2)对样本DNA进行目的基因的PCR扩增、纯化、片段化及荧光素标记，所述目的基因包括CDC6、CTLA-4、CYP1A1、CYP1A2、DLC1、GRP78、HSPA1B、IL-18、IL-1β、MDM2、MIR-146A、MTHFR、MTRR、TGF-β1、TNF-α和TP53基因；

(3)荧光素标记的PCR产物进行基因芯片杂交，检测目的基因的SNP位点，得到基因分型结果。所述的目的基因的SNP位点包括：CDC6基因的rs4134994位点，CTLA-4基因的rs231775位点，CYP1A1基因的rs4646421、rs2198843、rs4886605和rs1048943位点，CYP1A2基因的rs2069514位点，DLC1基因的rs621554位点，GRP78基因的rs430397位点，HSPA1B基因的rs1061581位点，IL-18基因的rs187238位点，IL-1β基因的rs1143627位点，MDM2基因的rs2279744位点，MIR-146A基因的rs2910164位点，MTHFR基因的rs1801131位点，MTRR基因的rs1801394位点，TGF-β1基因的rs1800469位点，TNF-α基因的rs1799724和rs361525位点及TP53基因的rs1042522位点。