[发明专利]一种X染色体STR基因位点分型的荧光检测方法

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种染色体分型的检测方法，特别涉及一种X染色体STR基因位点分型的荧光检测方法。

背景技术

短串联重复序列(short tandem repeats，简称STR)是由2-7个碱基对作为核心单位，串联重复形成的一类微卫星DNA序列；STR由于核心重复单位数目的变化形成了STR基因位点的遗传多态性。人类基因组中，平均每6-10kb就存在有一个STR基因位点，为法医个人识别和亲子鉴定提供了高信息基因位点的丰富来源。

STR等位基因的分型在研究与实际应用中具有以下显著的优点：良好的重复性，分型结果稳定可靠，操作简单快速；片段长度一般在100～400bp，容易通过PCR扩增、电泳分型，适用于各种检材及高度降解检材的检测；三核苷酸、四核苷酸重复的STR位点PCR扩增结果稳定，产生的附加带、影子带少，容易分型；是绘制人类遗传图、疾病基因连锁分析、遗传病诊断、个体识别等分析工作的重要工具。

STR的分型，目前最常用的是应用PCR扩增STR，将扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据片段的大小决定基因型并计算等位基因频率及遗传距离并构建系统发育树，对于PCR产物的检测可用自显影技术或者PAGE结合银染。

X染色体STR位点广泛存在真核细胞基因组中，高度稳定且具有较高的遗传多态性，但与常染色体和Y染色体STR相比，迄今发现和应用的X染色体STR位点数量非常少，群体分布、突变率、连锁平衡、基因结构等方面的信息尚不够丰富，在法医学、医学等领域的应用受限，远不及其他DNA遗传标记广泛。但X染色体STR对于亲子鉴定、个体识别、性别鉴定、X连锁遗传致病基因定位、易感基因的检出，多基因遗传病致病基因的定位、发病的分子遗传机理研究、药物的设计及使用等方面有独特的优势。故X染色体的有关研究有重要的意义。

X染色体遗传标记的研究在国内还处于初期，目前国际上商品化检测试剂盒仅有德国Biotype Argus X-8，该类试剂盒在法医学应用实践中存在以下问题：

1)采用这类试剂盒需要增加遗传标记时遇到困难；

2)这些X-STR基因位点都是基于中国群体以外的群体(主要是白人群体)资料而开发的，其中有些基因位点，在中国群体的基因频率分布较差，个人识别能力较低。

3)国外商品化试剂盒价格昂贵。

这些缺点限制了X染色体遗传标记在国内的应用，不利于进一步在基层推广。

申请号为200810017404.6，公开号为CN101225387的中国专利公开了一种覆盖X染色体全长的11个STR基因位点；并公开了STR基因位点结合等位基因标准物进行染色体分型的方法。但是该发明公开的STR分型为银染，银染检测，对实验设备的成本要求不高，试验操作简单易于掌握，但实验中人工操作较多，工作量大，实验结果受人员熟练程度影响。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于提供一种X染色体STR基因位点分型的荧光检测方法，该方法通过对3个X染色体STR位点的荧光分型，在法医学的个人识别和亲子鉴定上有较大的应用价值标准化分型

本发明是通过以下技术方案实现：

一种X染色体STR基因位点分型的荧光检测方法，包括以下步骤：

1)等位基因分型标准物的制备：

分别以包含3个X染色体STR基因位点DXS7132、DXS6799和DXS6804的不同基因型的质粒为模板，以5’端标记有荧光分子的引物对为引物，PCR扩增上述X染色体STR基因位点全部的等位基因，并确定PCR扩增出的等位基因的片段大小，将全部的等位基因的片段按照等摩尔比混合得到等位基因分型标准物；

其中，DXS7132基因位点PCR扩增的引物对为：

上游引物：agcccatttt cataataaat cc 22；

下游引物：荧光分子-aatcagtgct ttctgtacta ttgg   24；

DXS6799基因位点PCR扩增的引物对为：

上游引物：荧光分子-atgaattcag aattatcctc atacc  25；

下游引物：gaaccaacct gcttttctga  20；

DXS6804基因位点PCR扩增的引物对为：

上游引物：荧光分子-cccagatatt ttgaccacca        20；

下游引物：ggcatgtggt tgctataacc  20；

2)PCR扩增待测X染色体的STR等位基因：