[发明专利]检测基因组核酸中遗传异常的测定法

说明书

发明领域

本发明涉及基因组核酸的检测。

发明背景

提供下面的描述来协助读者理解。提供的信息或引用的参考文献都不被承认为本发明的现有技术。

遗传异常例如重复、缺失、染色体易位、点突变常常导致病理状态。

一些疾病，诸如癌症，归因于生命过程中少数细胞中后天获得的遗传异常；而在其它的疾病中，遗传异常存在于机体的所有细胞中，并且从受孕时就存在。

为了检测遗传异常，有必要检测含有异常的基因组核酸。检测遗传异常诸如非整倍性、易位、重复和缺失的方法是本领域熟知的。一种这样的方法包括细胞遗传学分析，其中染色体的中期伸展被染色和显影。中期染色体显示出在染色体带型中显现的特殊的明暗染色模式。

分子细胞遗传学方法的发展提供了具有更大灵敏度的测定法。这些技术将DNA杂交与放射标记的或荧光标记的探针相结合。例如，在荧光原位杂交(FISH)分析中，荧光探针与中期或分裂间期染色体杂交。然后用荧光显微镜检测杂交的探针。然而，这些方法需要完整的细胞或完整的或部分完整的细胞核。

检测染色体异常的非原位杂交方法在本领域也是已知的。美国专利公开2006/0292576描述了通过在固相支持体上杂交、捕获和检测基因组DNA来检测染色体异常的方法。这种方法利用了对基因组核酸有特异性的两个探针。一个探针锚定在固相支持体上，另一个探针是可检测到地标记的。第一个探针与基因组核酸的杂交将基因组核酸捕获在固相支持体上，而来自第二个探针的可检测标记的信号用于检测基因组核酸。这种方法需要通过核酸杂交将基因组核酸捕获到固相支持体上。

一种检测单核苷酸多态性的方法是通过动力等位特异性杂交(DASH)。这种方法利用错配碱基对的不稳定性导致的DNA解链温度(T_m)的差异。基因组片段例如通过PCR被扩增，并粘附在固相支持体上。在结合于双链DNA时发荧光的分子存在的情况下，加入等位基因特异的寡核苷酸。随着温度升高测量强度，直到T_m被确定。突变会导致较预期低的Tm，从而可以与野生型序列区分开来。

另一种检测单核苷酸多态性的方法是通过微阵列技术。基因组核酸最初被扩增，然后通过与锚定在固相表面的探针杂交而被捕获到固相表面上。通过使用带有可检测标记的第二探针的杂交来检测基因组核酸。

发明概述

本发明提供了检测测试样品中感兴趣的基因组核酸的方法，该方法没有扩增，也不需要完整的细胞或细胞核。大体上，使基因组核酸与标记的探针杂交并通过与核酸杂交不同的方式锚定在固相支持体上。通过检测固相支持体上的杂交复合体中的标记来检测基因组核酸。该方法可用于检测遗传异常，例如点突变、基因重复或缺失以及染色体易位。该方法还可用于疾病的诊断或预后。

一方面，本发明提供一种检测基因组核酸中的靶序列的方法，其如下实施：

a.将含有靶序列的基因组核酸样品与对所述靶序列有特异性的探针相接触，且在固相支持体上形成包含所述基因组核酸和杂交到所述靶序列的探针的复合体，其中所述探针含有可检测标记，所述基因组核酸通过除核酸杂交外的方式被锚定在固相支持体上，且所述基因组核酸的靶序列还未被扩增；和

b.通过检测标记与固相支持体的关联(或缔合，association)来检测基因组核酸中靶序列的存在。

另一方面，本发明提供一种检测基因组核酸中遗传异常存在或不存在的方法，其如下实施：

a.将基因组核酸样品与对遗传异常有特异性的探针相接触，如果在基因组核酸中存在遗传异常，则在固相支持体上形成包含基因组核酸和探针的复合体，基因组核酸通过除核酸杂交外的方式被锚定在固相支持体上，且基因组核酸的靶序列还未被扩增；

b.通过检测标记与固相支持体的关联来检测遗传异常的存在。

另一方面，本发明提供一种检测基因组核酸中遗传异常的方法，其如下实施：

a.将含有遗传异常的基因组核酸样品与对遗传异常有特异性的第一探针相接触，且在固相支持体上形成包含基因组核酸和第一探针的第一复合体，其中探针含有可检测标记，基因组核酸通过除核酸杂交外的方式被锚定在固相支持体上且基因组核酸的靶序列还未被扩增；

b.将基因组核酸样品与对参考核酸有特异性的第二探针相接触，且在固相支持体上形成包含参考核酸和第二探针的第二复合体，其中第二探针含有可检测标记；和