[发明专利]基于聚合酶的单分子测序

权利要求书

1.用于确定核酸样品中碱基序列的分析方法，该分析方法包括采用聚合酶对所述序列中的单一碱基的检测，所述聚合酶被修饰成包括至少一种荧光团和一种淬灭剂基团；检测和推断能量转移的量。

2.根据权利要求1所述的分析，其中所述聚合酶被修饰成包括第一荧光团和第二荧光团。

3.根据权利要求1所述的分析方法，其中所述第一和第二荧光团在所述暗淬灭剂加入之前相互反应以形成第一荧光发射状况和在所述暗淬灭剂加入之后形成第二发射状况。

4.根据权利要求1所述的分析方法，其中所述荧光团被可见范围(400-700nm)的激发源激发。

5.根据权利要求1所述的分析方法，其中所述荧光团被红外范围(700nm-350μm)的激发源激发。

6.根据权利要求1所述的分析方法，其中所述荧光团选自5-羧基荧光素(FAM)、四甲基罗丹明(TMR)、Alexa-Fluor荧光团、BODIPY染料、ATTO染料、花青染料和量子点。

7.根据权利要求2或4所述的分析方法，其中所述第一和第二荧光团由Cy3B和ATTO647n组成。

8.根据前述任一项权利要求所述的分析，其中所述淬灭剂基团为暗淬灭剂基团。

9.根据权利要求8所述的分析方法，其中所述暗淬灭剂基团是被修饰的三磷酸核苷(NTP)或dNTP。

10.根据权利要求9所述的分析方法，其中所述暗淬灭剂部分共价地连接到所述NTP的γ或β-磷酸基团。

11.根据权利要求8所述的分析方法，其中所述暗淬灭剂选自DABCYL、BHQ1、BHQ2、QSY7、QSY9、QSY21、QSY35、ATTO540Q、ATTO580Q、ATTO612Q、DYQ660和DYQ661。

12.根据权利要求1所述的分析方法，其中所述分析包括至少四种淬灭剂基团。

13.根据权利要求12所述的分析方法，其中所述分析包括至少四种暗淬灭剂基团。

14.根据权利要求12或13所述的分析方法，其中所述至少四种淬灭剂基团的每一个都是不同的。

15.根据权利要求12-14中任一项所述的分析方法，其中所述淬灭剂基团中的每一种包括淬灭剂部分和核苷酸，该淬灭剂部分和核苷酸不同于其它淬灭剂基团的淬灭剂部分和核苷酸。

16.根据权利要求9所述的分析方法，其中所述NTP选自三磷酸腺苷、三磷酸胞苷、三磷酸鸟苷、三磷酸尿苷、三磷酸脱氧腺苷、三磷酸脱氧胞苷、三磷酸脱氧鸟苷和三磷酸脱氧胸苷、被修饰的DNA、被修饰的RNA或包含DNA或RNA的核酸。

17.根据权利要求1所述的分析方法，其中所述聚合酶选自DNA聚合酶、RNA聚合酶和反转录酶。

18.被修饰的聚合酶，该聚合酶包括已被修饰成包括荧光团对的聚合酶。

19.根据权利要求18所述的被修饰的聚合酶，其中所述聚合酶为RNA聚合酶。

20.包含根据权利要求18所述的聚合酶和至少一种淬灭剂基团的试剂盒。

21.根据权利要求20所述的试剂盒，所述试剂盒包含至少四种淬灭剂基团。

22.根据权利要求20或21所述的试剂盒，其中所述淬灭剂基团或每个淬灭剂基团为暗淬灭剂基团。

23.根据权利要求21或22所述的试剂盒，其中所述至少四种淬灭剂基团的每一种都是不同的。

24.根据权利要求21、22或23所述的试剂盒，其中所述淬灭剂基团中的每一种包含淬灭剂部分和核苷酸，该淬灭剂部分和核苷酸不同于其它淬灭剂基团的淬灭剂部分和核苷酸。

25.参考所附实施例基本上如前描述的分析或试剂盒。