[发明专利]在种和/或亚种水平鉴定从临床样品分离的菌株的方法

权利要求书

1.使用MALDI-TOF-MS分析，在种和/或亚种水平鉴定从临床样 品分离的菌株的方法，包括在进行MALDI-TOF-MS分析前将病菌分类成 组的步骤，

其中所述分析包括在受试菌株的谱图中，保留与具有最高强度并 任意设置为1的峰相比，具有相对强度大于0.02的峰。

2.权利要求1的方法，包括保留具有相对强度大于0.05的峰。

3.权利要求2的方法，包括保留具有相对强度大于0.1的峰。

4.使用MALDI-TOF-MS分析，在种和/或亚种水平鉴定从临床样 品分离的菌株的方法，包括在进行MALDI-TOF-MS分析前将病菌分类成 组的步骤，其中所述分析包括将通过进行所述MALDI-TOF-MS分析获得 的、待鉴定菌株的谱图特征谱与包含待鉴定菌株所属的病菌组的种或 亚种的代表性菌株的特征性MALDI-TOF-MS谱图的数据库相比较，所述 数据库对于每个代表性菌株包含，与具有最高强度并任意设置为1的 峰相比，具有大于0.02的相对强度的峰，直到这些峰出现在至少2 种亚培养物中。

5.权利要求4的方法，其中所述数据库对于每个代表性菌株包 含，与具有最高强度并任意设置为1的峰相比，具有大于0.05的相对 强度的峰。

6.权利要求5的方法，其中所述数据库对于每个代表性菌株包 含，与具有最高强度并任意设置为1的峰相比，具有大于0.1的相对 强度的峰。

7.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述分类步骤是基于生 长条件和/或菌落特征，和/或通过显微镜检查的细菌形态，和/或革兰 氏染色，和/或简单的表型试验。

8.权利要求1-7中任一项的方法，包括在整个完整的细胞上或 者在裂解后获得的或对应于细胞组分的级分的蛋白质提取物上进行 MALDI-TOF-MS技术。

9.权利要求1-8中任一项的方法，包括在进行MALDI-TOF-MS 分析前，向分离的菌落中添加苯甲酸衍生物作为基质培养基，所述衍 生物选自包括DHB的组。

10.权利要求1-9中任一项的方法，其中每个谱图是来自含有 待分析菌株的孔的不同区域的至少400个，优选地大于1000个，甚至 大于2000个激光发射的总和，在m/z 500-50000的范围内分析所述 谱图。

11.权利要求10的方法，包括使用至少1000个激光发射。

12.权利要求11的方法，包括使用至少2000个激光发射。

13.权利要求10-12中任一项的方法，其中在m/z 500-20000 的范围内分析所述谱图。

14.权利要求13的方法，其中在m/z 2000-20000的范围内分 析所述谱图。

15.权利要求1-14中任一项的方法，其中待鉴定菌株选自包括 细菌的组。

16.权利要求15的方法，其中所述细菌是凝固酶阴性葡萄球菌 属。

17.权利要求15的方法，其中所述细菌是非发酵革兰氏阴性杆 菌。

18.权利要求1-14中任一项的方法，其中待鉴定菌株选自包括 酵母的组。

19.权利要求1-14中任一项的方法，其中待鉴定菌株选自包括 霉菌的组。

20.由在通过种或亚种的代表性菌株的MALDI-TOF-MS分析获得 的谱图中所选的峰构成的数据库，所述数据库通过如下方法获得

-使用一组菌株，每一个种或亚种由一个或多个菌株所代表，和

-记录通过使用MALDI-TOF-MS得到的这种组的每个菌株的谱图， 并保留相对强度大于0.02的峰，所述峰存在于至少2种亚培养物，优 选地5种或甚至10种或更多种亚培养物中。