[发明专利]一种采用核酸连接酶进行单核苷酸多态性检测的方法及试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种利用核酸连接酶结合电化学技术进行单核苷酸多态性(SNP)检测的方法及试剂盒。

背景技术

单核苷酸多态性(SNP)是指基因组DNA中某一特定核苷酸位置上发生变化。SNP在基因组中分布相当广泛，研究表明在人类基因组中大约每300bp就出现一次，而且任何一种等位基因在群体中的频率不小于1％，它意味着个人间最小的遗传差异。SNP具有数量多、分布广和稳定遗传等特点，它与许多疾病直接相关，是决定人类疾病易感性和药物反应差异的主要因素。因此SNP分析在新药研究、个体化用药、临床检验和分子诊断等领域内存在巨大的产业价值，并受到广泛的关注。随着对SNP研究的广泛关注，检测技术得到了快速的发展，出现了许多SNP检测技术。

SNP分析技术按其研究对象主要分为两大类，即：①对未知SNP进行分析，即找寻未知的SNP或确定某一未知SNP与某遗传病的关系。检测未知SNP有许多种方法可以使用，如温度梯度凝胶电泳(TGGE)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、单链构象多态性(SSCP)、变性的高效液相色谱检测(DHPLC)、限制性片段长度多态性(RFL P)、随机扩增多态性DNA(RAPD)等，但这些方法只能发现含有SNP的DNA链，不能确知突变的位置和碱基类别，要想做到这一点，必须对那些含有SNP的DNA链进行测序。②对已知SNP进行分析，即对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。对已知SNP检测的方法主要基于以下4种基本原理：等位基因特异性杂交、内切酶酶切技术、引物延伸法、寡核苷酸连接反应。

SNP研究现在正处于发展之中，虽然它有很好的前景，但目前仍存在不少问题。其主要原因在于目前虽然有大量检测SNP的方法，但大都价格昂贵，速度较慢，这限制了其在实际中的应用，所以目前迫切需要开发低成本，高生产率的新检测方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测待测核酸第x位碱基的单核苷酸多态性(SNP)的方法。

本发明的另一目的在于提供一种检测待测核酸第x位碱基的单核苷酸多态性的芯片以及试剂盒。

在本发明的第一方面，提供一种检测待测核酸第x位碱基的单核苷酸多态性(SNP)的方法，所述方法包括：

(a)提供一种芯片，所述的芯片包括：基片，所述的基片表面是一金属基面，其上具有区域1，区域2，区域3，和/或区域4，其中，

区域1固定有游离端末端碱基是A的捕获探针，

区域2固定有游离端末端碱基是T的捕获探针，

区域3固定有游离端末端碱基是C的捕获探针，

区域4固定有游离端末端碱基是G的捕获探针，

其中，当所述捕获探针的游离端为3端时，与所述末端碱基相邻的5-100bp(较佳的10-100bp；更佳的15-30bp)碱基与所述待测核酸第x位碱基之后且与该第x位碱基相邻的5-100bp碱基特异性互补；当所述捕获探针的游离端为5端时，与所述末端碱基相邻的5-100bp(较佳的10-100bp；更佳的15-30bp)碱基与所述待测核酸第x位碱基之前且与该第x位碱基相邻的5-100bp碱基特异性互补；

(b)将待测核酸、信号探针和核酸连接酶加样于所述芯片的区域1，区域2，区域3和区域4，进行连接反应；

其中，当所述捕获探针的游离端为3端时，所述信号探针的序列自5端起的5-100bp(较佳的10-100bp；更佳的15-30bp)碱基与待测核酸第x位碱基之前且与该第x位碱基相邻的5-100bp(较佳的10-100bp；更佳的15-30bp)碱基特异性互补，且所述的信号探针的3末端连接有电流反应检测信号；当所述捕获探针的游离端为5端时，所述信号探针的序列自3端起的5-100bp(较佳的10-100bp；更佳的15-30bp)碱基与待测核酸第x位碱基之后且与该第x位碱基相邻的5-100bp(较佳的10-100bp；更佳的15-30bp)碱基特异性互补，且所述的信号探针的5末端连接有电流反应检测信号；

(c)对(b)的芯片上的核酸进行变性处理，去除非固定于基片的核酸链和未反应的信号探针；

(d)电化学法检测(c)获得的芯片上区域1，区域2，区域3，和/或区域4的电流反应检测信号，

若电流反应检测信号位于区域1，则待测核酸第x位碱基是T；

若电流反应检测信号位于区域2，则待测核酸第x位碱基是A；

若电流反应检测信号位于区域3，则待测核酸第x位碱基是G；