[发明专利]利用水稻DNA插入或缺失分子标记鉴定籼稻和粳稻的方法

说明书

技术领域

本发明属于生物鉴别技术领域，具体涉及一种鉴定籼稻和粳稻的方法。

技术背景

籼稻和粳稻是亚洲栽培稻(Oryza sativa L.)的两个最重要的遗传分化类群。典型的籼 稻和典型的粳稻之间已形成了明显的生殖隔离，故在分类上通常将籼稻和粳稻作为两个亚 种处理，即：籼稻亚种(O.sativa subsp.indica)和粳稻亚种(O.sativa subsp.iaponica)。 籼稻和粳稻在形态、生理生化性状和品质方面都已经产生了较大的差异，在对不同生态环 境的适应性方面也有所不同，籼稻适合于低纬度和低海拔的热带和亚热带环境，而粳稻更 适合于高纬度和高海拔的冷凉环境。由于籼稻和粳稻的遗传分化以及这些特征特性，利用 籼稻和粳稻进行有性杂交不仅可以产生很多新的遗传重组类型供育种家选择，进而培育出 优异的水稻品种。而且，籼稻和粳稻之间的强大杂种优势，在杂交稻的培育中也具有重要 的价值。因此对于籼稻和粳稻的准确鉴定，在水稻选育和遗传改良的育种材料和种质资源 正确选用中具有非常重要的应用价值，至关重要，同时在水稻的进化和遗传研究中也具有 重大的理论意义。

由于籼稻和粳稻的不同类型在形态上和生理生化特征上有很大的变异，而且籼稻和粳 稻品种之间存在着明显的有性杂交和遗传渐渗，导致一些中间类型的出现。虽然籼稻和粳 稻的准确鉴定极为重要，但是一直以来，对籼稻和粳稻的准确鉴定都存在较大的问题。目 前用来鉴定籼稻和粳稻最有效的常规方法是以形态鉴定为基础的“程氏指数法”，(包括六个 性状：稃毛、酚反应、穗节长、稻壳色、叶毛和谷粒长宽比)。这个方法的最大缺点：一 是由于形态性状受环境的影响较大而易导致检测的结果不准确；二是形态测量必须要栽种 被测水稻样品，从播种到成熟一般需要3-5个月，耗时长；三是形态测量需要一定的样本 群体，故需要较多的水稻样品；这样就大大影响了籼稻和粳稻鉴定的效率。

发明内容

本发明的目的是提供一种精确和快速区分鉴定水稻的籼稻和粳稻的方法。

本发明提出的鉴定水稻中籼稻和粳稻的方法，是一种利用插入或缺失(InDel)分子标 记鉴定水稻品种的方法。具体来说是利用水稻亚种间DNA序列的特异性差异片断，设计 扩增引物组合及其衍生物，对籼稻型等位基因(I)和粳稻型等位基因(J)频率(F_i或F_j) 进行计算，并根据这些频率来确定籼稻和粳稻的方法。

本发明用于鉴定籼稻和粳稻的InDel特异引物一共有34对，具体如下：

表1