[发明专利]一种中高密度生物芯片原位合成仪

说明书

技术领域

本发明涉及一种中高密度生物芯片原位合成仪，属于生物芯片制备技术领域。

背景技术

DNA芯片技术是90年代兴起的一种对成百上千甚至上万个基因同时进行检测的新技术，具有高通量和并行性的特点，在基因表达谱分析、检测基因突变和多态性分析、药物筛选以及序列分析等诸多领域呈现出广泛的应用前景。随着研究的不断深入和技术的不断发展，生物芯片必将在生命科学研究领域发挥其非凡的作用。

目前，基因芯片的制备技术主要有原位合成法和直接点样法两种。点样法是指运用各种方法(打印、喷印等)将预先合成的DNA探针或cDNA探针固定到玻片或其它固体载片上形成微探针阵列。与原位合成法相比，点样法较简单，只需将预先制备好的寡核苷酸或cDNA等样品通过自动点样装置点于经特殊处理的玻璃片或其它材料上即可。点样法又分为打印和喷印两种方法：其中打印法的优点是探针密度相对较高，通常可打印2500个探针/cm²，缺点是定量准确性及重现性不好，打印针容易堵塞，且使用寿命有限。喷印法的优点是定量准确，重现性好，使用寿命长，其缺点是喷印的斑点大，因此探针密度低，通常只有400位点/cm²。无论是采用打印或者喷印的方法，都需要事先大量地制备纯化、量化、分类PCR产物。采用点样法制备密度基因芯片的过程中，当探针数量较大时，所需探针成本也随着增加。例如，当20目的探针数量达到1000条时，探针成本即在100,000元人民币左右。因而当探针数目较多时，这一技术无法与原位合成技术相比拟，此外还有各种客观因素导致探针密度不均匀因而杂交信号不均匀的缺点。

原位合成是按照预先设计的碱基序列直接将探针合成在基片上，主要有光蚀刻原位合成和喷印原位合成两种，目前只有美国Affymetrix公司拥有的光脱保护原位合成制备专利技术已实现基因芯片的规模化生产，该技术主要不足之处是特有的光脱保护方法需要制作一系列特定的光掩模，并且对不同的用户需求和不同的基因芯片必须重新设计光掩，成本相当高，不适合小批量需求；此外，光蚀刻法每步合成率较低，一般为95％左右，合成30nt产率仅20％，还需要特殊的光脱保护试剂。

原位喷印合成技术采用的化学原理与传统的DNA固相合成一致，因此无需特殊制备的化学试剂，其原理与喷墨打印类似，不过芯片喷印头和墨盒有多个，墨盒中装的是四种碱基等液体而不是碳粉。喷印头可在整个芯片上移动并根据芯片上不同位点探针的序列需要将特定的碱基喷印在芯片上特定位置。喷印法每步偶联率达99％以上，合成30nt产率可达74％，从这个意义上说喷印法特异性应比光刻法高。此外，它并不需特殊的合成试剂。

另外，国内东南大学吴健雄实验室经过数年的努力，开发了分子印章接触压印DNA微阵列原位合成技术，完全采用现有最成熟的DNA合成路线，可望降低成本。但美中不足的是在掩模设计上和Affymetrix公司拥有的光脱保护原位合成制备专利技术一样，针对不同的用户需求和不同的基因芯片，必须重新设计掩模。

本课题组提出和研究了活版印刷原位合成中低密度基因芯片新方法，可望避免现有原位合成方法中烦琐而昂贵的掩模制备过程及点样法中昂贵的探针修饰或标记成本，针对不同用户需求只需重新排列印刷模版即可，易实现自动控制和精确定位，合成速度快，在较短时间内就可快速印刷合成出探针分布均匀的大批量基因芯片。但主要存在的缺陷就是模版的设计需要手动实现，过程繁琐。尤其是当芯片密度较高时，手动排版不仅所需时间长，而且非常容易出错。在上述基础之上，课题组研究了一种微流体自驱动原位合成压印生物芯片新方法。

发明内容

本发明其目的是针对现有技术的缺点而研究开发的一套制备生物芯片的仪器设备。利用该设备可以实现自动化、规模化原位合成生产廉价、可靠、质量高的中高密度基因芯片和多肽芯片。