[发明专利]检测甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌的方法以及用于所述方法的引物、探针和试剂盒

说明书

本发明涉及检测样品中甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)的存在或不存在的方法，所述方法包括进行扩增步骤、杂交步骤和检测步骤。此外，本发明涉及用于MRSA的检测的引物、探针和试剂盒。 

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus，S.aureus；SA)是一种细菌，其天然的储存器是粘性的或湿润/含盐的皮肤区域，如腹股沟、肛门或鼻部。此外它存在于创伤处。总的说来，鼻部是金黄色葡萄球菌的主要环境。然而，金黄色葡萄球菌可以引起疾病，从较小的皮肤感染(例如，丘疹、疖和蜂窝组织炎(cellulites))和脓肿，到严重的疾病如肺炎、脑膜炎、心内膜炎、中毒性休克综合征(TSS)、败血症和多器官功能障碍综合征(MODS)。每年，在美国医院中大约500,000名患者遭遇葡萄球菌感染。 

当今，金黄色葡萄球菌对许多常用的抗生素变得有抗性。在英国，所有金黄色葡萄球菌分离株的仅2％对青霉素敏感，在世界其他地方也有类似情况。开发了β-内酰胺酶抗性-青霉素(甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林和氟氯西林)来治疗青霉素抗性金黄色葡萄球菌，并仍然用作第一线的治疗。甲氧西林是这个类别中使用的第一种抗生素(它在1959年引入)，但仅两年后，在英国报道了第一例甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)。MRSA还被称为苯唑西林抗性金黄葡萄球菌(ORSA)以及多抗性金黄色葡萄球菌，而如果必需进行明确的区别，金黄色葡萄球菌的非甲氧西林抗性菌株有时称为甲氧西林敏感性金黄葡萄球菌(MSSA)。 

尽管有它的抗性，直到1990年代甚至在医院环境中MRSA一般仍是罕有的发现，在这时MRSA发病率在医院中显著地提高，现在它是在医院里域内流行的。此外，在美国，存在着通过衣帽间和体育馆中的皮肤接触暴发MRSA定居现象和感染的越来越多的报告，甚至是在健康群体之中。MRSA在儿科学中也成为难题(Johnson AP等，2005，J Antimicrob Chemother 56(3)：455-62)。自2005年早期起，在英国归因于MRSA的死亡数目通过各种来源的估计在3000人每年 的范围内(Johnson，上文) 

由MRSA引起的感染显示了更高的致死率和更严重的症状，因为由于对仅仅少数抗生素的抗性治疗受到限制。MRSA的第一线的治疗当前是糖肽抗生素(万古霉素和替考拉宁(teicoplanin))。然而，这些抗生素存在许多难题，主要在于静脉内施用(没有可用的口服制品)的要求、毒性和定期通过血液测试的手段监视药物水平的要求。还牵涉的是，糖肽抗生素类不能很好地穿透进入感染的组织(对于脑和脑膜的感染以及在心内膜炎中这是特别关注的)。然而，由于结果较差，糖肽不能用于治疗甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌。结合起来，与仅感染SA的患者相比，感染MRSA的患者在医院中留置更长的时间。 

此外，未被识别的MRSA定居(colonization)可能通过用MRSA替换MRSA-未定居患者的菌群而引起MRSA从一个患者到另一个患者的散布。定居通过某些风险因素被易化，包括，例如，早先的抗生素治疗、多病状和糖尿病以及早先在医院的留置。 

这决定了高度重要的是拥有安全和可靠的工具用于MRSA的诊断和/或检测。 

当前，大多数皮肤感染的诊断结论是通过症状和身体检查发现的模式作出的，但是通常不可能的是知道感染是由任何类型的葡萄球菌属细菌还是由其他细菌，如A组β-溶血性链球菌(化脓性链球菌，(Streptococcus pyogenes))所引起。为了得到确定的诊断结论和确认MRSA是引起感染的细菌，可以进行培养。 

然而，利用常规的培养诊断MRSA需要16-72小时，引起治疗的延迟，显著地损害患者结局，并可能促成暴发以及提高医院成本。 

表型的分析，例如凝固酶类型、肠毒素(SE)类型、中毒性休克综合征毒素-1的产生、体外抗生素易感性，已经常规地用于MRSA菌株分型。 

另外，已经建立了MRSA菌株的遗传型分析，提供了比表型分析更详细的分类法。特别是，利用MRSA的总基因组DNA的限制性片断的脉冲场凝胶电泳(PFGE)是特征化的极好的方法。