[发明专利]多样性合成肽和多肽文库的设计和构建

说明书

技术领域

本发明涉及多样性肽和多肽文库的设计和构建。具体而言，本发明涉及使用多重相关参数作为过滤器的用于创建数据集的分析数据库设计方法；还涉及通过定向多重合成寡核苷酸合成(directed multisyntheses oligonucleotidesynthesis)来生成序列多样性的方法。本发明使得人们能够基于可个别直接限定的单一或多重相关关键参数，将大型、复杂的附注释的数据库简化成更简单的相关序列数据集。所述方法还使得人们能够基于这种方法，使用离散和简并寡核苷酸的多重合成群集(multisynthetic collection)来捕获多种多样的序列群集或其部分，来生成多样性文库。 

发明背景 

基于肽或多肽的药物候选物的开发通常起始于筛选相关肽或多肽序列的文库。因此筛选治疗性抗体候选物的第一步通常是创建高多样性的抗体序列文库。 

有数种用于设计和构建多样性抗体文库的方法是本领域已知的。 

已经有人描述了丝状噬菌体-肽组合抗体文库可以通过改组重链和轻链基因来增加多样性(Kang等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，88：11120-11123，(1991))，或通过易错聚合酶链式反应(PCR)向文库引入随机突变来增加多样性(Gram等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，89：3576-3580，(1992))。使用确定的框架作为生成抗体文库的基础已经由Barbas等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA89：4457-4461(1992)(随机化CD3-H3)；Barbas等，Gene 137：57-62(2003)(对V_κCDR3的延伸随机化)；和Hayanashi等，Biotechniques 17：310(1994)(通过重叠序列延伸和PCR对抗体CDR区进行同时诱变)描述。其它文献报导了CDR-H3文库与单一V_L基因的组合(Nissim等，EMBO J.13：692-698(1994))，CDR-H3文库与V_L基因的限定群集的组合(De Kruif等，J.Mol.Biol.248：97-105(1995))或CDR-H3文库与V_L基因的随机化库(randomizedrepertoire)的组合(Griffiths等，EMBO J.13：3245-3260(1994))。 

另见美国专利Nos.5667988；6096551；7067284，它们描述了使用通用或随机化的免疫球蛋白轻链来产生抗体文库的方法。 

Knappik等，J.Mol.Biol.296：57-86(2000)描述了一种用于设计和构建人抗体文库的不同构思，称为HuCAL(Human Combinatorial Antibody Libraries；人类组合抗体文库)。这种方法基于这样的发现，在免疫应答过程中被频繁使用的人V_H和V_L亚家族各自分别由一种共有框架所代表，这样就有七个重链的HuCAL共有基因和七个轻链的HuCAL共有基因，它们产生49种可能的组合。所有基因均通过全合成制备，同时考虑密码子选择、促进蛋白质聚集的不利残基和所有CDR侧翼的独特及通用限制位点等因素。所述方法导致生成包含CDR的模块化抗体，这些CDR可按照需要转化成不同抗体形式。HuCAL抗体文库的设计和合成在美国专利6300064；6696248；6706484；和6828422中有描述。 

尽管有这些以及其它的进展，还是非常需要用于设计和构建高多样性(多)肽(如抗体)文库的新的有效方法。 

发明内容

本发明涉及多样性肽和多肽文库的设计和构建。 

在一个方面，本发明涉及用于数据库多样性分析的方法，所述数据库包含相关的氨基酸序列，所述相关的氨基酸序列以至少一个共享的序列基序为特征，所述方法包括步骤： 

(a)对所述相关的氨基酸序列进行比对；