[发明专利]多样性合成肽和多肽文库的设计和构建

权利要求书

1.一种用于数据库多样性分析的方法，所述数据库包含以至少一个共享 序列基序为特征的相关氨基酸序列，所述方法包括如下步骤：

(a)对所述相关氨基酸序列进行比对；

(b)通过对所述包含共享序列基序的相关氨基酸序列应用预定的两个或 更多个过滤器的组合来创建第一数据集；

(c)分析所述第一数据集在所述共享序列基序内的位置氨基酸使用频率；

(d)通过在所述共享序列基序内的一个或多个氨基酸位置处对步骤(c)中 获得的位置氨基酸使用频率应用最小阈值氨基酸使用频率，对以所述预定过 滤器组合为特征的氨基酸序列生成模拟共享序列基序内位置氨基酸多样性 的第二数据集；和

(e)合成相关氨基酸序列的物理文库，所述文库的设计在所鉴定的数据集 的辅助下进行。

2.权利要求1的方法，其中在步骤(d)中最小阈值氨基酸使用频率被指 定给所述共享序列基序内的全部氨基酸位置。

3.权利要求2的方法，其中所有指定给所述氨基酸位置的阈值氨基酸使 用频率都是相同的。

4.权利要求2的方法，其中并非所有指定给所述氨基酸位置的阈值氨基 酸使用频率都是相同的。

5.权利要求1的方法，其中所述最小阈值氨基酸使用频率被设定为对所 述共享序列基序内的全部氨基酸位置提供最小总和氨基酸使用率。

6.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少60％。

7.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少65％。

8.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少70％。

9.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少75％。

10.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少80％。

11.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少85％。

12.权利要求5的方法，其中所述最小总和氨基酸使用率是至少90％。

13.权利要求1的方法，其中所述相关氨基酸序列是抗体序列。

14.权利要求13的方法，其中所述相关氨基酸序列包含抗体重链序列。

15.权利要求13的方法，其中所述相关氨基酸序列包含抗体轻链序列。

16.权利要求14或权利要求15的方法，其中所述共享序列基序是CDR 序列。

17.权利要求16的方法，其中所述共享序列基序选自下组：CDR1、CDR2 和CDR3序列。

18.权利要求17的方法，其中在步骤(b)中，所述预定的过滤器的组合 选自下组：(1)所述抗体重链或轻链的同种型；(2)所述CDR1、CDR2和CDR3 序列中一种或多种的长度；(3)在所述CDR1、CDR2和CDR3序列中一种或 多种内的一个或多个预定位置处一个或多个预定氨基酸残基的存在；(4)框架 类型；(5)所述抗体结合的抗原；(6)所述抗体的亲和力；和(7)所述CDR序列 之外的位置氨基酸残基。

19.权利要求18的方法，其中抗体重链和/或轻链CDR1、CDR2和CDR3 序列中的至少一种是大小匹配的。

20.权利要求19的方法，其中一种附加的过滤器是所述抗体重链和/或 轻链序列的同种型。

21.权利要求17的方法，其中所述位置氨基酸残基使用频率是至少3％。

22.权利要求17的方法，其中所述位置氨基酸残基使用频率是至少5％。

23.权利要求17的方法，其中所述位置氨基酸残基使用频率是至少 10％。

24.权利要求17的方法，其中所述位置氨基酸残基使用频率是至少 15％。