[发明专利]用于核酸作图和鉴定核酸的精细结构变化的方法以及用途

权利要求书

1.一种并列基因组变化标签(GVT)的方法，其中基因组变化标签对(GVT- 对)的两个组成成员是靶核酸分子中限定间隔距离的独特位置标记，所述方法包 括：

使靶群DNA随机或在限定的位点片段化，然后纯化所述片段化的靶DNA 样品至预定的大小；

将具有一个或多个限制性内切核酸酶识别位点的DNA连接物连接至片段 化的靶DNA插入片段的两个末端；

将靶DNA连接的连接物的末端互相连接以形成DNA骨架，或连接至另一 线性DNA骨架，以产生环形分子；

使用限制性内切核酸酶，以在距靶DNA插入片段的每个末端的距离消化 所述靶DNA插入片段，产生两个基因组变化标签(GVT)，这两个基因组变化标 签含有靶DNA插入片段的末端序列，所述末端序列与所述DNA骨架连接；和

环化连接GVT的DNA骨架，以获得环形分子，各环形分子携带含有两个 并列GVT的GVT对；

从DNA骨架切除新生成的GVT对以产生分离的GTV对。

2.一种并列基因组变化标签(GVT)的方法，所述方法包括：

使靶群DNA随机或在限定的位点片段化，然后纯化所述片段化的靶DNA 样品至预定的大小；

将消化的靶DNA插入片段连接入DNA骨架中以产生环形分子；

用限制性酶在距靶DNA插入片段的每个末端的距离切割插入DNA，由此 产生两个基因组变化标签(GVT)，这两个基因组变化标签含有靶DNA插入片段 的末端序列，所述末端序列与DNA骨架连接；和

环化连接GVT的DNA骨架，以形成环形分子，每个环形分子均携带含有 两个并列GVT的GVT-对；

从骨架切除新生成的GVT对以

产生分离的GTV对。

3.权利要求1或2的方法，其中所述靶DNA插入片段选自：基因组DNA、 cDNA、微生物DNA、质体DNA、化学合成的DNA、核酸扩增的DNA产物和 由RNA转录的DNA。

4.权利要求1或2的方法，其中所述靶DNA通过施加机械力或用一种或 多种酶部分消化而被随机片段化。

5.权利要求1或2的方法，其中所述靶DNA通过使用一种或多种单独的 或组合的限制性酶完全消化而被片段化。

6.权利要求1或2的方法，其中所述片段化的靶DNA被大小选择为预先 测定的大小。

7.权利要求1或2的方法，其中所述DNA骨架为能在细胞中繁殖的载体。

8.权利要求1或2的方法，其中产生GVT的限制性内切核酸酶为II型限 制性内切核酸酶。

9.权利要求1或2的方法，其中产生GVT的限制性内切核酸酶为选自以 下的II型限制性内切核酸酶：Mme I、NmeA III、CstM I、BceA I、Bpm I、BpuE I、Bsg I、BsmF I、BstV1I、Eco57I、Eco57M I和Gsu I。

10.权利要求8的方法，其中所述II型限制性内切核酸酶为Mme I。

11.权利要求1或2的方法，其中所述产生GVT的限制性内切核酸酶为选 自以下的III型限制性内切核酸酶：EcoP15I、EcoP1I、Pst II、Hind fIII、StyLT I、LlaF I、BceS I、Hine I、PhaB I、Hpy790545P、Hpy790639I和HpyAXIP。

12.权利要求11的方法，其中所述III型限制性内切核酸酶为EcoP15I。